البحرية البرتغالية

وقعت أول معركة موثقة تاريخيًا شاركت فيها القوات البحرية البرتغالية عام 1180، في عهد أول ملوك البرتغال، ألفونسو الأول . دارت المعركة قبالة رأس إسبشيل ، حيث انتصر سرب بحري برتغالي بقيادة الفارس فواس روبينيو على سرب بحري مسلم. كما شنّ فواس روبينيو غارتين على سبتة عامي 1181 و1182، ولقي حتفه خلال الثانية من محاولته غزو المدينة الواقعة في شمال إفريقيا. خلال القرن الثالث عشر، وفي إطار حروب الاسترداد ، ساهمت القوات البحرية البرتغالية في فتح العديد من المدن الساحلية الإسلامية، مثل القصر الملكي وسيلفيس وفارو . كما استُخدمت في المعارك ضد قشتالة - من خلال غارات على غاليسيا والأندلس - وفي عمليات مشتركة مع أساطيل مسيحية أخرى ضد المسلمين.

منح الملك دينيس تنظيمًا دائمًا لقواته البحرية، وعيّن مانويل بيسانها من جنوة أول أميرال للمملكة، في 12 ديسمبر 1317. ويُعتبر هذا التاريخ هو التاريخ الرسمي لتأسيس البحرية البرتغالية، التي احتُفل بمرور 700 عام على تأسيسها في 12 ديسمبر 2017. وفي عام 1321، شنّت البحرية البرتغالية بنجاح هجمات على موانئ إسلامية في شمال إفريقيا . وبدأ التأمين البحري في البرتغال عام 1323. وبين عامي 1336 و1341، بُذلت أولى محاولات التوسع البحري، مع حملة استكشافية إلى جزر الكناري برعاية الملك أفونسو الرابع . وفي سياق أزمة 1383-1385 ، شاركت البحرية البرتغالية مشاركة فعّالة في الحرب ضد قشتالة.

أسفرت حملة بحرية برتغالية في غاليسيا عن الاستيلاء على مدن بايونة ولا كورونيا ونيدا الساحلية ، بالإضافة إلى تدمير قاعدة فيرول البحرية والعديد من السفن التي كانت في طريقها لتعزيز القوات القشتالية التي كانت تحاصر لشبونة. وفي يوليو/تموز 1384، تمكن الأسطول البرتغالي من فك الحصار القشتالي عن لشبونة وإمداد المدينة، محققًا هزيمة للأسطول القشتالي في معركة تاغوس البحرية .

في مطلع القرن الخامس عشر، دخلت البلاد فترة من السلام والاستقرار. كانت أوروبا لا تزال غارقة في الحروب والصراعات الإقطاعية، مما أتاح للبرتغال أن تكون الدولة الوحيدة القادرة على البدء بشكل منهجي وناجح في استكشاف المحيط الأطلسي . ويمكن تقسيم التوسع البرتغالي خلال القرن الخامس عشر إلى:

• التوسع الإقليمي إلى شمال أفريقيا
• مسح هيدروغرافي للساحل الأفريقي وجزر الكناري
• مسح أوقيانوغرافي وأرصادي للمحيط الأطلسي
• تطوير تقنيات وأساليب الملاحة

بدأ التوسع الإقليمي في المغرب بفتح سبتة عام 1415. وانطلقت عمليات الاستكشاف على طول الساحل الغربي لأفريقيا عام 1412 وانتهت بعبور رأس الرجاء الصالح عام 1488. بعد عودته من سبتة ، أسس الملاح هنري مدرسة للملاحة في ساغريس . كانت السفينة المستخدمة في بداية الاكتشافات هي الكارافيل ، التي تراوحت حمولتها بين 50 و160 طنًا. وسرعان ما ظهرت النتائج الأولى عندما اكتشف غونسالفيس زاركو جزيرة بورتو سانتو عام 1419 وجزيرة ماديرا عام 1420، واكتشف ديوغو دي سيلفيس جزيرة سانتا ماريا في جزر الأزور عام 1427. وفي عام 1424، عبر جيل إينيس رأس بوجادور . ووصل ديوغو كاو وبارتولوميو دياس إلى مصب نهر زائير عام 1482.

في العام نفسه، شُيِّدت قلعة ساو جورج دا مينا على ساحل غرب أفريقيا على يد ديوغو دي أزامبوجا ، لتصبح إحدى أهم القواعد البحرية البرتغالية. ولا يزال هذا الصرح قائمًا حتى اليوم، ويُعدّ شاهدًا قويًا على تجارة الرقيق في تلك الحقبة. وفي عام 1488، أصبح بارتولوميو دياز أول أوروبي يبحر حول أقصى نقطة في جنوب أفريقيا، رأس الرجاء الصالح . ووصل جواو فاز كورتي ريال إلى نيوفاوندلاند عام 1473. وقد رسم الأخوان كورتي ريال ، ابنا جواو فاز كورتي ريال، خريطة لجزء من ساحل نيوفاوندلاند في محاولة فاشلة للعثور على الممر الشمالي الغربي عام 1501. وفي عام 1499، وصل جواو فرنانديز لافرادور وبيرو دي بارسيلوس إلى لابرادور (التي سُميت تيمنًا بجواو فرنانديز لافرادور ) ورسما خريطة لساحلها.

كان أعظم إنجازات هذه الرحلات الاستكشافية من نصيب فاسكو دا غاما ، الذي أصبح عام 1498 أول أوروبي يكتشف الطريق البحري إلى الهند . وفي عام 1500، أثناء قيادته أسطولًا برتغاليًا ثانيًا مؤلفًا من 13 سفينة إلى الهند، اكتشف بيدرو ألفاريز كابرال البرازيل واستكشفها ، معلنًا تبعيتها للبرتغال. وفي العام نفسه، انفصل ديوغو دياس ، أحد قادة أسطول بيدرو ألفاريز كابرال المتجه إلى الهند، عن الأسطول الرئيسي بسبب عاصفة أثناء عبوره رأس الرجاء الصالح، ليصبح أول أوروبي يصل إلى مدغشقر . وإلى جانب منصب أميرال البرتغال القائم آنذاك، استحدث التاج البريطاني منصب أميرال الهند، وكان فاسكو دا غاما أول من شغله عام 1500.

مع إنشاء أول طريق بحري إلى المحيط الهندي ، بدأ البرتغاليون باستخدام سفن الكاراك ( ناو بالبرتغالية). ومع ذلك، لم يكن التوغل البرتغالي في المحيط الهندي سلميًا بسبب معارضة المسلمين. لكن في عام 1509، حقق فرانسيسكو دي ألميدا نصرًا ساحقًا على المسلمين في معركة ديو البحرية ، مما رسخ الوجود البرتغالي وهيمنته في المنطقة. وفي المغرب، استمرت الفتوحات البرتغالية، فاستولوا على مدن سافيم ، وأزامور ، ومازاجو ، وموغادور . وفي الشرق الأقصى ، واصل الملاحون البرتغاليون مسيرتهم، فزاروا جنوب شرق آسيا ، والصين عام 1517، وأستراليا عام 1522. وفي الفترة نفسها، وصلوا إلى تايوان (وأطلقوا عليها اسم فورموزا )، واليابان، حيث كانوا أول الأوروبيين الذين وصلوا إليها.

دخلوا البحر الأحمر عام 1542 لتدمير الأسطول العثماني في السويس . وفي الغرب، زار البرتغاليون سواحل نيو إنجلاند عام 1520، وكاليفورنيا عام 1542، وخليج هدسون عام 1588. لم تكن كل هذه العمليات لتتحقق لولا القدرات البحرية والمعرفة الملاحية للبحارة البرتغاليين، فضلاً عن شجاعتهم وعزيمتهم. في عام 1520، نظم الملك مانويل الأول البحرية البرتغالية في ثلاثة أساطيل دائمة: أسطول الساحل (للدوريات الساحلية)، وأسطول الجزر (المتمركز في جزر الأزور، لحماية الملاحة في شمال المحيط الأطلسي)، وأسطول المضيق (العامل في منطقة مضيق جبل طارق ، لحماية الملاحة مع شمال إفريقيا والبحر الأبيض المتوسط ). كان الأسطولان الأولان يتألفان في الغالب من سفن حربية (كاراك وجاليون )، بينما كان أسطول المضيق يتألف في الغالب من سفن تجديف ( فوستا وجاليون ).

استمرت هذه الأساطيل حتى مطلع القرن التاسع عشر. وإلى جانب الأساطيل الثلاثة الدائمة، واصلت البحرية تنظيم أساطيل الهند المؤقتة ، التي كانت تُرسل إلى الهند سنويًا. ولمساعدة القوات المسيحية على غزو تونس عام 1535، أرسل الملك جواو الثالث السفينة البرتغالية "بوتافوغو" ، التي كانت أقوى سفينة حربية في العالم آنذاك، مُسلحة بما بين 80 و200 مدفع، بقيادة شقيق الملك، لويس دوق باجا . وفي عام 1567، استولى سرب بحري برتغالي، بقيادة ميم دي سا ، على حصن كوليني وطرد الفرنسيين من خليج غوانابارا .

عقب أزمة الخلافة البرتغالية عام 1580 ، وبعد هزيمة أنطونيو، رئيس دير كراتو، في حرب الخلافة البرتغالية ، أصبح فيليب الثاني ملك إسبانيا من آل هابسبورغ ملكًا على البرتغال باسم فيليب الأول. وفي ظل الاتحاد الأيبيري ، استمرت البرتغال رسميًا مملكة مستقلة تمتلك أسطولها البحري الخاص، إلا أن سياساتها الخارجية والبحرية أصبحت خاضعة بشكل متزايد للمصالح الإسبانية وموجهة وفقًا لها. وسرعان ما أمر الملك فيليب البحرية البرتغالية بالمساهمة في الأسطول الإسباني الذي كان يعتزم غزو إنجلترا، على الرغم من أن إنجلترا كانت حليفًا قديمًا للبرتغال. وقدّمت البرتغال أقوى أسطول من سفن الأسطول، بما في ذلك سفينتها الرئيسية، وهي سفينة ساو مارتينيو (التي أطلق عليها الإسبان اسم سان مارتن ). وشملت المشاركة البرتغالية أسطولًا من تسع سفن شراعية (أُضيفت إليها سفينة شراعية عاشرة قدمتها توسكانا) وسفينتين من طراز زابرا ، بالإضافة إلى أسطول آخر من أربع سفن شراعية ، ليبلغ مجموع السفن 16 سفينة وأكثر من 5800 رجل. وبلغت هذه الحملة ذروتها في معركة غرافلين البحرية . بسبب ارتباطها بإسبانيا بنظام ملكي مزدوج ، تعرضت البرتغال لهجمات من الإنجليز والفرنسيين والهولنديين، جميعهم أعداء لإسبانيا، مما أدى إلى تفكك إمبراطوريتها الشاسعة . لم يكن عدد سكان البرتغال المتناقص (حوالي مليون نسمة) كافيًا لمقاومة هذا العدد الكبير من الأعداء، فبدأت الإمبراطورية بالتفكك. مع ذلك، ظل الأسطول البرتغالي منخرطًا في العديد من الصراعات الأخرى، وحافظ على دوره المهم في مكافحة القرصنة .

أنطونيو سالدانها يقود أسطولًا مكونًا من 30 قرقرة هزم الأسطول العثماني في البحر الأبيض المتوسط ​​​​واحتل تونس . وفي الوقت نفسه، أنجز جواو كويروس عبورًا مزدوجًا للمحيط الهادئ مغادرًا من كاليفورنيا . في عام 1618، تم تأسيس أول فوج مشاة بحري ( بالبرتغالية : Terço da Armada da Coroa de Portugal )، وهو أصل كل من سلاح البحرية الحديث في البرتغال والبرازيل . خلال 14 يومًا من القتال في فبراير 1625، خاضت البحرية البرتغالية معركة غير حاسمة عندما اشتبك سرب من القوادس بقيادة روي فريري دي أندرادي، وسرب آخر من القوادس بقيادة ألفارو بوتيلو، مع قوة بحرية إنجليزية وهولندية مشتركة في مضيق هرمز .

عقب المعركة، وقّعت بلاد فارس والبرتغال معاهدةً تنظم تجارتهما في الخليج. ويُجمع على أن المعاهدة وُقّعت عام ١٦٢٥، إلا أن النص المتبقي غير مؤرخ، ويُحتمل أن يكون قد وُقّع في وقت متأخر يصل إلى عام ١٦٣٠. وفي أبريل من العام نفسه، نُظّمت حملة بحرية وعسكرية برتغالية إسبانية مشتركة واسعة النطاق لاستعادة سلفادور دا باهيا في البرازيل من الهولنديين، الذين كانوا قد استولوا على المدينة قبل عام. وكان الأسطول البرتغالي بقيادة مانويل دي مينيزيس، ويتألف من ٢٢ سفينة، من بينها " تيركو دا أرمادا دا كوروا دي بورتوغال" ، ونحو ٤٠٠٠ رجل.

في الأول من ديسمبر عام 1640، ثار البرتغاليون واستعادوا استقلال البرتغال الكامل بعد ستين عامًا من الهيمنة الإسبانية. وللدفاع عن استقلالها، خاضت البرتغال حرب الاستعادة ضد القوات الإسبانية. ورغم التهديد الذي شكله الأسطول الإسباني القوي، لم تقع معارك بحرية كبيرة، إذ دارت رحى الحرب في معظمها على البر. وفي الوقت نفسه، أبرمت البرتغال اتفاقيات سلام مع إنجلترا وفرنسا وهولندا .

خلال فترة حرب الاستعادة، لم تكن المعارك الرئيسية للبحرية البرتغالية ضد الإسبان، بل ضد الهولنديين ، الذين قرروا -رغم توقيعهم اتفاقية سلام مع البرتغاليين- استغلال الظروف الصعبة الناجمة عن المجهود الحربي للبرتغال في أوروبا، ومهاجمة بعض مستعمراتها في أمريكا وأفريقيا وآسيا والاستيلاء عليها. ورغم بعض النكسات الأولية الهامة، تمكن البرتغاليون في النهاية من الرد، فصدوا الهجمات الهولندية على موزمبيق وغوا وماكاو، واستعادوا شمال شرق البرازيل وأنغولا وساو تومي وأنو بوم ، في عدة حملات بحرية وعسكرية.

لأن ملك البرتغال لم يكن يملك سوى الحرس الملكي الاحتفالي للرماة ، فقد كان سلاح البحرية البرتغالي ( Terço da Armada) مسؤولاً أيضاً عن حماية الملك. وخلال عهد الملك جواو الخامس ملك البرتغال ، شهد سلاح البحرية البرتغالي فترة نمو وتطور كبيرين، حيث بدأت السفن الحربية بالتميز عن السفن التجارية.

في عام ١٧٠٥، أُرسل سرب برتغالي مؤلف من ثماني سفن حربية لمساعدة إنجلترا ضد القوات الفرنسية الإسبانية التي كانت تحاصر جبل طارق ، وبلغت هذه الجهود ذروتها في معركة كابريتا بوينت . وبناءً على طلب جمهورية البندقية والبابا كليمنت الحادي عشر ، أرسلت البحرية البرتغالية في عام ١٧١٦ أسطولًا لمواجهة أنشطة الإمبراطورية العثمانية في البحر الأبيض المتوسط . وتُوّجت هذه الحملة بمعركة ماتابان في ١٩ يوليو ١٧١٧، حيث انتصر الأسطول البرتغالي، بدعم من البحرية البندقية والمالطية ، على البحرية العثمانية .

بين عامي 1762 و1777، شاركت القوات البحرية البرتغالية في البرازيل في العديد من الصراعات مع الإسبان في أمريكا الجنوبية ، ولكن بنجاح محدود. ومنذ عام 1770، وتحت قيادة مارتينيو دي ميلو إي كاسترو ، وزير الدولة للبحرية، شهدت البحرية البرتغالية إصلاحات وتحديثات واسعة النطاق. ومن الجدير بالذكر أنه في إطار هذه الإصلاحات، استُبدل الإجراء القديم لتسمية السفن البرتغالية بأسماء القديسين بأسماء شخصيات أسطورية أو تاريخية وأفراد من العائلات المالكة. وفي عام 1792، أُنشئت الأكاديمية الملكية للضباط البحريين ( أكاديمية الحرس البحري الملكية ) كأكاديمية بحرية على مستوى الجامعة . وتُعد هذه الأكاديمية أصل المدارس البحرية الحالية في البرتغال والبرازيل .

في عام ١٧٩٢، أُعيد تنظيم الأفواج البحرية الثلاثة (اثنان من المشاة وواحد من المدفعية) ودُمجت لتُشكّل اللواء الملكي للبحرية ( بالبرتغالية : Brigada Real de Marinha ). كان يقود هذا اللواء ضابط برتبة لواء بحري، وضمّ فرقًا من المدفعية البحرية والمشاة البحرية والمهندسين البحريين، بإجمالي يزيد عن ٥٠٠٠ رجل. بعد إعدام لويس السادس عشر على يد الثوار الفرنسيين، انضمت البرتغال إلى التحالف الأول . في عام ١٧٩٣، كُلّفت البحرية البرتغالية بنقل ومرافقة الجيش البرتغالي المُرسل لمساعدة إسبانيا في حرب البرانس ضد فرنسا. وقد نُفّذت هذه المهمة بواسطة أسطول النقل الذي تكوّن من أربع سفن حربية، وفرقاطة واحدة، وأربع سفن نقل، وعشر سفن تجارية.

لمساعدة بريطانيا في الدفاع عن نفسها ضد غزو فرنسي محتمل، نظّمت البحرية البرتغالية وأرسلت أسطول القناة، الذي ضمّ خمس سفن حربية، وفرقاطتين، وسفينتين شراعية، وسفينة مستشفى. من يوليو 1794 إلى مارس 1796، وتحت قيادة أنطونيو جانواريو دو فالي، قام أسطول القناة البرتغالي بدوريات في القناة الإنجليزية بالتعاون مع البحرية الملكية. أنهت البحرية البرتغالية القرن الثامن عشر بأسطول ضمّ 13 سفينة حربية، و16 فرقاطة، وثلاث سفن كورفيت، و17 سفينة شراعية، وثماني سفن دعم. إضافةً إلى ذلك، ضمّت القوات البحرية البرتغالية أيضًا البحرية الهندية، المتمركزة في المحيط الهندي ، والتي كانت تضمّ سفينة حربية وست فرقاطات.

في أواخر القرن الثامن عشر، وتحت قيادة ماركيز نيسا، شاركت البحرية البرتغالية في حملة البحر الأبيض المتوسط ​​عام ١٧٩٨ ضد الجمهورية الفرنسية في مصر وفي حصار مالطا . وفي نوفمبر ١٨٠٧، غزا الجنرال جان أندوش جونوت البرتغال في محاولة لتوسيع إمبراطورية نابليون القارية. ونظرًا لعدم كفاية القوات لردع الغزو، ولتجنب الوقوع في الأسر والحفاظ على استقلال المملكة، فعّل الأمير الوصي جون ملك البرتغال خطة استراتيجية قديمة تنص على نقل البلاط البرتغالي إلى البرازيل . واستدعى الأمير الوصي أسطوله لتنفيذ هذه المهمة، وفي ٢٩ نوفمبر ١٨٠٧، غادرت العائلة المالكة والحكومة و١٥٠٠٠ من مسؤولي الدولة والجيش وعائلاتهم لشبونة مبحرين إلى البرازيل على متن أسطول برتغالي ضم ثماني سفن حربية وخمس فرقاطات وخمس سفن أخرى أصغر حجمًا.

كانت السفينة "برينسيبي ريال" ذات التسعين مدفعًا بمثابة سفينة القيادة، وعلى متنها الأمير الوصي وعائلته. وصل الأسطول إلى باهيا في 22 ديسمبر، ثم إلى ريو دي جانيرو في 8 مارس 1808. واتخذت ريو دي جانيرو عاصمةً جديدةً للبرتغال. كما وصل الأسطول على متنه الأكاديمية الملكية للضباط البحريين، واستقرت في المدينة، بالإضافة إلى جزء من اللواء الملكي للبحرية. وردًا على الغزو الفرنسي للبرتغال، استولت القوات البرتغالية في البرازيل على كايين في يناير 1809. ونُفذ الغزو البرمائي بواسطة أسطول بحري برتغالي مدعوم بفرقاطة بريطانية، وقوة قوامها 550 من مشاة البحرية التابعة للواء الملكي للبحرية، و700 جندي برازيلي نظامي.

أثناء مشاركتها في الحروب النابليونية في نصف الكرة الغربي ، انخرطت البحرية البرتغالية أيضًا في عمليات في مياه جنوب شرق آسيا . بين نوفمبر 1809 وفبراير 1810، شنت القوات البحرية البرتغالية المتمركزة في ماكاو حملة ضد قراصنة اتحاد غوانغدونغ الصينيين ، وهزمتهم في سلسلة من العمليات البحرية في مضيق دجلة . ساد عدم الاستقرار السياسي البرتغال خلال القرن التاسع عشر بعد الغزوات النابليونية . في عام 1820، وبعد ثورة في مدينة بورتو، أُرسِيَ النظام الدستوري في البرتغال. طالب البرلمان في لشبونة بعودة الملك من البرازيل إلى أوروبا. عاد الملك جواو السادس عام 1821، تاركًا وريثه، الأمير بيتر ، وصيًا على عرش البرازيل. بعد فترة من الخلاف السياسي مع البرلمان في لشبونة، انفصل الأمير بيتر عنه نهائيًا وأعلن استقلال البرازيل عام 1822، ليصبح أول إمبراطور لها، باسم بيتر الأول.

حظي بيدرو الأول بدعم العديد من أفراد البحرية البرتغالية المتمركزين في البرازيل، والذين حصلوا على جنسية الدولة الجديدة. وتألفت البحرية البرازيلية الجديدة بشكل رئيسي من السفن البرتغالية المتمركزة في البرازيل آنذاك وطواقمها. وخلال حرب الاستقلال البرازيلية ، وقعت مناوشات بحرية بين البحرية البرازيلية والقوات البحرية البرتغالية في البرازيل التي ظلت موالية لحكومة لشبونة. إلا أن هذه المناوشات كانت محدودة بسبب رفض البرتغاليين، الذين شكلوا غالبية طواقم السفن البرازيلية - رغم ولائهم لبيدرو الأول - القتال ضد برتغاليين آخرين. وانتهى الصراع عام ١٨٢٥ باعتراف البرتغال باستقلال البرازيل بموجب معاهدة ريو دي جانيرو . وفي العام نفسه، قُسّمت الأكاديمية الملكية للضباط البحريين في ريو دي جانيرو إلى قسمين، أحدهما للبرازيل والآخر للبرتغال، وعاد الطلاب وأعضاء هيئة التدريس الذين اختاروا الجنسية البرتغالية إلى لشبونة.

أدى رحيل الملك جواو السادس عام ١٨٢٦، وما رافقه من نزاعات بين الحكام المطلقين والليبراليين، إلى أزمة خلافة سياسية. وبصفته ولي عهد البرتغال، أصبح الإمبراطور بيتر الأول ملك البرازيل لفترة وجيزة، باسم بيتر الرابع، ثم تنازل عن العرش لابنته الكبرى، الملكة ماري الثانية ، رغم صغر سنها. وقد اعترض الحكام المطلقون على هذا الخلاف، معتبرين بيتر الأول خائنًا، ومدافعين عن أحقية التاج إلى شقيقه الأصغر، ميخائيل. وبعد فترة قضاها ميخائيل وصيًا على عرش البرتغال باسم ماري الثانية، تولى العرش بنفسه وأصبح الملك ميخائيل الأول ملك البرتغال عام ١٨٢٨.

أدت هذه الأحداث إلى اندلاع الحرب الأهلية البرتغالية . حافظت معظم البحرية البرتغالية على ولائها لميخائيل، بينما بنى الليبراليون -الموالون لبيتر وماري- أسطولًا بحريًا جديدًا، مؤلفًا في معظمه من سفن وطواقم أجنبية. بدأت الحرب عندما سيطر الليبراليون على جزيرة تيرسيرا في جزر الأزور . حاولت البحرية الميغيلية استعادة الجزيرة بعملية إنزال برمائية، لكن الهجوم صُدّ من قبل المدافعين في معركة برايا دا فيتوريا عام 1829. وواصل الأسطول الميغيلي حصار الجزيرة. في عام 1831، تنازل بيتر الأول أيضًا عن عرش البرازيل لصالح ابنه الأكبر، الذي أصبح بيتر الثاني ملك البرازيل ، وأبحر إلى بريطانيا ثم إلى جزيرة تيرسيرا برفقة تعزيزات عسكرية.

في هذه الأثناء، أرسل الملك الفرنسي الليبرالي لويس فيليب، المؤيد القوي لبطرس الأكبر، أسطولًا إلى البرتغال. حاصر الأسطول الفرنسي لشبونة وحاول مهاجمة مؤخرة أسطول ميغيل الذي كان يحاصر تيرسيرا، لكنه حقق نجاحًا محدودًا. أخيرًا، في 11 يوليو 1831، مستغلًا غياب معظم أسطول ميغيل عن مياه جزر الأزور، تمركز الأسطول الفرنسي عند مدخل نهر تاجة لإجبار حكومة ميغيل على الاستجابة لعدة مطالب فرنسية، حيث لم تتمكن السفن الحربية البرتغالية القليلة العاملة والتي تعاني من نقص في الطاقم (سفينة حربية واحدة فقط، وأربع فرقاطات، وسفينتان حربيتان صغيرتان) الموجودة في تاجة من مواجهة القوات الفرنسية المتفوقة (ست سفن حربية، وثلاث فرقاطات، وثلاث سفن حربية صغيرة، وأربع سفن شراعية).

في هذه الأثناء، جمع بطرس أسطولًا مؤلفًا من حوالي 60 سفينة، بقيادة جورج روز سارتوريوس ، أنزل في 8 يوليو 1832 قوة قوامها 7500 رجل بالقرب من مينديلو ، ومنها تقدموا نحو مدينة بورتو المجاورة، واستولوا عليها في اليوم التالي. حاصر جيش الميغيليين داخل بورتو، متمركزًا حول المدينة. ثم ساد جمودٌ دام عامًا كاملًا، حيث لم تتمكن قوات الميغيليين من الاستيلاء على المدينة، ولم يتمكن جيش الليبراليين من فك الحصار. ولكسر هذا الجمود، قرر الليبراليون فتح جبهة أخرى في مؤخرة قوات العدو. أبحر أسطول بحري من بورتو في 20 يونيو 1833 - وعلى متنه نصف جيش الليبراليين - ورست سفينته في الغارف . وفي رحلة العودة، واجه الأسطول الليبرالي بقيادة تشارلز نابيير الأسطول الميغيليتي بقيادة مانويل أنطونيو ماريروس وهزمه في معركة رأس سانت فنسنت في 5 يوليو 1833. وانتهت الحرب الأهلية أخيرًا في 24 مايو 1834، عندما وقع ميخائيل الأول على تنازل إيفورامونتي ، متنازلاً عن جميع المطالبات بالعرش البرتغالي.

أدى الصراع الطويل، الممتد من الحروب النابليونية إلى نهاية الحرب الأهلية، إلى إضعاف البلاد وتسبب في تراجع حاد في قوة البحرية البرتغالية. وقد تفاقم هذا التراجع نتيجة انعدام الثقة المتبادل بين السياسيين الليبراليين والبحرية بسبب تاريخهما في الحرب الأهلية، والذي تجسد في الخلاف بين الملكة ماري الثانية والبحرية، ما أدى إلى عدم حصول البحرية على رايات رسمية طوال فترة الملكية الدستورية، حيث كانت قواتها البرية تستعرض حاملةً رايةً بسيطة . ^{[ 7 ]} ونتج عن انعدام الثقة هذا إهمال الحكومة للبحرية، وتوقف الاستثمار في القوات البحرية لسنوات عديدة. في هذه الفترة، فقدت البحرية البرتغالية معظم قدراتها كقوة بحرية عالمية ، لتصبح قوة بحرية صغيرة تقتصر على القيام بدوريات في المنطقة الساحلية للبرتغال وتأمين المستعمرات البرتغالية.

في ثلاثينيات القرن التاسع عشر، ضمّت البحرية البرتغالية أولى سفنها البخارية . بُنيت آخر سفينة حربية برتغالية، وهي فاسكو دا غاما ذات الثمانين مدفعًا، في لشبونة عام ١٨٤١، بينما بُنيت آخر فرقاطة شراعية، وهي دوم فرناندو الثاني إي غلوريا ذات الستين مدفعًا ، في دامان (الهند البرتغالية) عام ١٨٤٥. ومنذ أواخر خمسينيات القرن التاسع عشر، استبدلت البحرية تدريجيًا سفنها الشراعية بسفن بخارية أو سفن ذات دفع مختلط، وأصبحت سفنها الحربية الرئيسية هي الكورفيتات ذات الدفع المختلط للعمليات في أعالي البحار، بينما اقتصرت مهام السفن الحربية على الدوريات الساحلية والاستعمارية. وفي عام ١٨٨٠، ضم الأسطول البرتغالي كورفيتًا مدرعًا، وست كورفيتات، وثلاث عشرة سفينة حربية، وثلاث سفن تدريب، وأربع سفن دعم.

في أواخر القرن التاسع عشر، ولا سيما عقب مؤتمر برلين الذي دعت إليه البرتغال، شاركت البحرية البرتغالية في استكشاف ورسم خرائط المناطق الداخلية لأفريقيا. ومن بين المستكشفين البرتغاليين للمناطق الداخلية الأفريقية، برز الضباط البحريون هيرمينجيلدو كابيلو ، وبريتو كابيلو، وروبرتو إيفنز، الذين قاموا بعدة رحلات استكشافية منذ أواخر سبعينيات القرن التاسع عشر. وقد أنشأ هيرمينجيلدو كابيلو وروبرتو إيفنز أول اتصال بري بين أنغولا وموزمبيق، عابرين المناطق الداخلية لأفريقيا عبر أراضٍ غير مستكشفة، حيث غادرا الساحل الغربي في يناير 1884 ووصلا إلى الساحل الشرقي في سبتمبر 1885.

خلال هذه الفترة، ركزت البحرية البرتغالية أيضًا على مهمة الدفاع البحري عن لشبونة، مكملةً بذلك دفاعاتها البرية. كان هذا جزءًا من الاستراتيجية الوطنية التي اعتبرت أن الدفاع عن البرتغال سيتحقق من خلال الدفاع عن عاصمتها وأهم مدنها. وكجزء من هذه المهمة، حصلت البحرية البرتغالية عام ١٨٧٦ على السفينة المدرعة فاسكو دا غاما ، أول سفينة حربية لها، والمُخصصة للعمل كبطارية دفاع ساحلية عائمة. وشملت خطط الدفاع البحري عن لشبونة أيضًا استخدام زوارق الطوربيد والغواصات، والتي تم اقتناؤها لاحقًا.

في عام 1882، تسلمت البحرية البرتغالية أول زورق طوربيد، وفي عام 1884، تسلمت الكورفيت أفونسو دي ألبوكيرك ، وهي أول طراد غير محمي لها .

في عام 1889، قدم الملازم البحري جواو أوغوستو فونتيس بيريرا دي ميلو مشروع "محطة غواصة". تم اختبار نموذج لما يسمى بالغواصة Fontes في الترسانة البحرية في لشبونة.

في أواخر القرن التاسع عشر، أدركت البحرية البرتغالية أنها لا تمتلك قوة كافية للدفاع عن المياه والموانئ الأوروبية البرتغالية ضد أي عدوان محتمل. فبدأ المنظرون البحريون البرتغاليون بالدعوة إلى استخدام الغواصة باعتبارها السلاح الوحيد القادر على مواجهة أسطول معادٍ أكثر قوة.

في عام ١٨٩٦، تمت الموافقة على برنامج بحري طارئ اقترحه وزير البحرية خاسينتو كانديدو دا سيلفا. وشمل هذا البرنامج بناء أربع طرادات مدرعة ، لتحل محل الكورفيتات ذات الدفع المختلط كسفن رئيسية في الأسطول. كما تم طلب بناء طراد خامس في إطار اكتتاب عام تم تنظيمه استجابةً للإنذار البريطاني عام ١٨٩٠. وفي عام ١٩٠١، خضعت السفينة الحربية المدرعة القديمة فاسكو دا غاما لعملية تجديد شاملة، حيث تم تحويلها إلى طراد مدرع ، وفي عام ١٩٠٧، تم طلب بناء أول غواصة.

منذ أواخر القرن التاسع عشر وحتى مطلع القرن العشرين، شاركت البحرية البرتغالية في سلسلة من حملات التهدئة الاستعمارية ، التي هدفت إلى تحييد الانتفاضات المحلية وفرض السيادة البرتغالية في أنغولا وموزمبيق وغينيا البرتغالية وغيرها من الأراضي ما وراء البحار. كانت معظم هذه الحملات تحت قيادة الجيش، إلا أن البحرية دعمتها بنشاط، بل وقادت بعض العمليات. ولأجل هذه الحملات، أنشأت البحرية البرتغالية أسطولاً بحرياً نهرياً يتألف أساساً من زوارق حربية نهرية عملت في الأنهار الأفريقية لدعم القوات البرية. كما أنشأت البحرية وحدات مشاة بحرية استكشافية عملت في أفريقيا كقوات إنزال لدعم وحدات الجيش.

برزت حملة باروي عام 1902 كمثالٍ بارزٍ على الحملات الاستعمارية التي قادتها البحرية، حيث استُخدمت فيها موارد بحرية هامة. هدفت الحملة إلى تهدئة باروي ، وهي منطقة داخلية في وسط موزمبيق، يمر بها نهر بونغوي . كانت العمليات تحت القيادة العامة للملازم أول جواو كوتينيو. وشملت التحرك البحري الأولي للقوات بواسطة الطرادين ساو غابرييل وساو رافائيل ، والبارجتين الحربيتين تشايميت وليبرال ، من عدة مناطق في موزمبيق، وتمركزها في منطقة العمليات. أُجريت العمليات في نهر بونغوي بواسطة زوارق حربية تابعة لأسطول زامبيزي، مُعززة بسفن تجارية مستأجرة. ضمت قوات الإنزال مدفعية الجيش وقوات مشاة، ووحدات محلية تابعة للمستعمرات، وقوات مشاة بحرية مُشكلة من بحارة مُنتدبين من طواقم سفن محطة موزمبيق البحرية.

في مطلع القرن العشرين، بدأت الرابطة البحرية البرتغالية بدراسة برنامج إصلاحات وتجهيزات لتطبيقه على البحرية البرتغالية. وقد قاد هذه الدراسات بشكل رئيسي ضباط بحريون شباب، برز منهم الملازم ألفارو نونيس ريبيرو والملازم فرناندو بيريرا دا سيلفا.

أدى تحديث البحرية البرتغالية في السنوات الأخيرة من الحكم الملكي إلى امتلاكها، بحلول عام ١٩١٠، سفنًا متطورة مجهزة بالطاقة الكهربائية والاتصالات اللاسلكية والطوربيدات والمدفعية الحديثة. وشمل الأسطول ست طرادات ، وأربع زوارق طوربيد، وزورق طوربيد مدفعي ، وثلاث عشرة سفينة حربية ، بالإضافة إلى سفن مساعدة وسفن صغيرة أخرى، وغواصة قيد الإنشاء. ومع ذلك، وبسبب المشاكل المالية الناجمة عن سوء الإدارة وعدم تطوير ممتلكاتها الأفريقية، لم تتمكن البرتغال من الحفاظ على أسطول أكبر.

في العاشر من أكتوبر عام ١٩١٠، أُطيح بالنظام الملكي وحلّت محله الجمهورية البرتغالية الأولى . قدّم النظام السياسي الجديد برنامجًا بحريًا طموحًا، تضمن بناء ثلاث سفن حربية ضخمة من طراز دريدنوت ، وثلاث طرادات، واثنتي عشرة مدمرة، وست غواصات. ورغم موافقة البرلمان على البرنامج عام ١٩١٢، إلا أنه لم يُنفّذ إلا بشكل طفيف، ويعود السبب الرئيسي في ذلك إلى نقص التمويل. بل على العكس، خلال فترة الجمهورية الأولى، دخلت البحرية في حالة من الإهمال، وفقدت تدريجيًا جزءًا من قدراتها، في عملية بلغت ذروتها في وضع وُصف في أواخر عشرينيات القرن الماضي بأنه "شبه انعدام" للقوة البحرية.

بدأ الصراع بين البرتغال وألمانيا قبل الإعلان الرسمي للحرب بين البلدين، وذلك في منتصف عام 1914، عندما وقعت عدة اشتباكات عسكرية على الحدود بين أنغولا وغرب أفريقيا الألمانية ، وبين موزمبيق وشرق أفريقيا الألمانية . وفي أغسطس من العام نفسه، شنّت القوات الألمانية هجومًا مفاجئًا على مركز مازويا الحدودي المعزول على ضفاف نهر روفوما شمال موزمبيق، ما أسفر عن مقتل الحامية الصغيرة، بمن فيهم قائدها، رقيب البحرية إدواردو رودريغيز دا كوستا، الذي أصبح أول برتغالي يُقتل في الحرب العالمية الأولى. وفي أكتوبر، وقع هجوم مفاجئ آخر على مركز كوانغار جنوب أنغولا، أسفر أيضًا عن مقتل معظم أفراد الحامية البرتغالية بنيران المدافع الرشاشة التي أطلقتها القوات الألمانية المهاجمة. كجزء من التعزيزات العسكرية البرتغالية التي أُرسلت للرد على العدوان الألماني، تم إرسال كتيبة مشاة بحرية استكشافية إلى أنغولا في نوفمبر 1914، للمشاركة في القتال البري لحملة جنوب غرب إفريقيا ، تحت قيادة الملازم أول أفونسو سيركيرا.

في 23 فبراير 1916، في عملية قادها القائد ليوتي دو ريغو من الطراد فاسكو دا جاما ، استولت البحرية البرتغالية على 38 سفينة ألمانية راسية في ميناء لشبونة. تم الاستيلاء على سفن أخرى في الموانئ البرتغالية في البر الرئيسي للبرتغال (بورتو وسيتوبال )، وجزر الأزور ( هورتا وبونتا ديلغادا )، وماديرا ( فونشال )، والرأس الأخضر ( ساو فيسنتي )، وأنغولا ( لواندا )، وموزمبيق ( جزيرة موزمبيق ، وبيرا ولورنسو ماركيز )، والهند البرتغالية ( مورموجاو )، بإجمالي 72 سفينة ألمانية ونمساوية مجرية. تبع ذلك إعلان ألمانيا الحرب على البرتغال في 9 مارس، إيذانا بدخول البرتغال الرسمي في الحرب العالمية الأولى .

في بداية الحرب العالمية الأولى، ضم الأسطول البرتغالي خمس طرادات، وسفينة حربية صغيرة ( سفينة شراعية )، ومدمرة، وغواصة، واثنتي عشرة سفينة حربية، وسبع زوارق حربية نهرية، وأربع زوارق طوربيد، وسفينتي تدريب، وسبع سفن حربية أخرى. وخلال الحرب، انضمت مدمرتان إضافيتان، وثلاث غواصات، وثلاث سفن حربية. كما تم تجهيز عدد من السفن ، وسفن الشحن ، وسفن الصيد ، وقوارب القطر للخدمة البحرية، بما في ذلك ثلاث طرادات مساعدة ، وسفينة مستشفى، وأربع سفن نقل، وأكثر من عشرين سفينة صيد بحرية (زوارق دورية وكاسحات ألغام ). وفي عام 1917، تم إنشاء سلاح الطيران البحري البرتغالي ، بالإضافة إلى محطة لشبونة الجوية البحرية، حيث استقبلت أكثر من خمس وعشرين طائرة مائية خلال الحرب.

ابتداءً من فبراير 1916، ضمت القوات البحرية البرتغالية العاملة في موزمبيق الطراد أداماستور والسفينة الحربية تشايميتي، بالإضافة إلى العديد من زوارق المدفعية النهرية وسفن صغيرة أخرى تابعة لأسطول زامبيزي. خلال مايو 1916، قادت أداماستور وتشايميتي عملية ضد القوات الألمانية عند مصب نهر روفوما ، حيث قصفتا مواقع العدو وأطلقتا فرق إنزال استولت على التحصينات الألمانية في جزيرة ناماكا. إلا أن هجومًا برمائيًا على الضفة الشمالية للنهر تم صده من قبل القوات الألمانية المتحصنة جيدًا، بنيران رشاشة كثيفة تسببت في خسائر فادحة في صفوف فرق الإنزال البرتغالية. وفي نهاية المطاف، احتلت القوات البرتغالية الضفة الشمالية لنهر روفوما بعد ثلاثة أشهر. كما أُرسل الطراد ساو غابرييل إلى موزمبيق في أبريل 1918، واكتشف بالصدفة غواصة ألمانية واشتبك معها أثناء توجهه إلى موزمبيق. عندما رست السفينة "ساو غابرييل" في كيب تاون بجنوب إفريقيا، طُلب منها التعاون في تأمين المدينة التي كانت تحت تهديد الانتفاضة ولم يكن يحرسها سوى 50 ضابط شرطة، فنزل منها 116 من أفراد طاقمها، الذين تولوا الدفاع عن الميناء لمدة أربعة أيام، حتى عودة القوات البحرية البريطانية التي غادرت إلى البحر.

كان من أهم أدوار البحرية البرتغالية الدفاع عن موانئ البر الرئيسي للبرتغال وجزر شمال المحيط الأطلسي البرتغالية (جزر الأزور، وماديرا، والرأس الأخضر)، وخاصةً ضد الألغام البحرية وهجمات الغواصات الألمانية . وتركزت الجهود بشكل أساسي على الدفاع عن ميناء لشبونة، الميناء الرئيسي للبرتغال وقاعدتها البحرية، من خلال دوريات بحرية مكثفة قامت بها السفن السطحية والغواصات والطائرات البحرية، بالإضافة إلى المراقبة البحرية من المحطات البرية، وإطلاق الألغام المضادة للغواصات، ونصب حواجز شبكية. كما تولت البحرية تشغيل بعض بطاريات مدفعية الدفاع الساحلي. وفي عمليات الدفاع عن ميناء لشبونة، فقدت البحرية كاسحة الألغام " روبرتو إيفنز" التي اصطدمت بلغم معادٍ، فغرقت مع جميع أفراد طاقمها، وطائرة مائية تابعة لسلاح الجو البرتغالي اختفت مع طاقمها أثناء قيامها بدورية قبالة مصب نهر تاجة .

حظي ميناء ساو فيسنتي، الواقع في جزر الرأس الأخضر، باهتمام كبير من البحرية البرتغالية. فقد كان ساو فيسنتي نقطة التقاء كابلات التلغراف البحرية التي تربط أمريكا وأوروبا وأفريقيا، فضلاً عن كونه محطة رئيسية لتزويد سفن الحلفاء الحربية والتجارية بالفحم في المحيط الأطلسي. في عام 1914، أرسلت البحرية قوة مشاة بحرية وسفينتي المدفعية " بيرا" و "إيبو" إلى الجزر. وفي وقت لاحق، تم تعزيز هذه القوات بسفينة المدفعية "بينغو" ، بالإضافة إلى حواجز مضادة للغواصات وبطاريات ساحلية تشغلها البحرية. وخلال الفترة من 1916 إلى 1918، تمكنت القوات البحرية البرتغالية في الرأس الأخضر من صد العديد من هجمات الغواصات الألمانية بنجاح على السفن الراسية في ميناء ساو فيسنتي.

بُذلت جهودٌ كبيرةٌ أيضًا في الدفاع عن موانئ ليكسويس وهورتا وبونتا ديلغادا وفونشال وساحل الغارف ، حيث وقعت اشتباكاتٌ عندما هوجمت بونتا ديلغادا وفونشال وقُصفتا من قِبل غواصات يو. كما دعمت البحرية البرتغالية القاعدة البحرية والمحطة الجوية التي تديرها البحرية الأمريكية في بونتا ديلغادا، والمحطة الجوية البحرية التي تديرها القوات الجوية البحرية الفرنسية في ساو جاسينتو، أفيرو . ونُشرت مفرزةٌ جويةٌ تابعةٌ للبحرية البرتغالية في هورتا، جزر الأزور، وبُنيت محطةٌ جويةٌ بحريةٌ في جزيرة كولاترا ، الغارف، إلا أنها لم تُفعّل قط لأن الحرب انتهت في تلك الأثناء.

عملت البحرية البرتغالية في شمال المحيط الأطلسي، حيث رافقت السفن التجارية وحمت خطوط الاتصالات البحرية بين البر الرئيسي والجزر البرتغالية في المحيط الأطلسي. وفي إحدى هذه المهام، وقعت معركة 14 أكتوبر 1918 الشهيرة ، بين سفينة الصيد البحرية "أوغوستو دي كاستيلو" ، بقيادة الملازم كارفاليو أراوجو ، والطراد الألماني " يو-139"  . هاجمت "يو-139 " السفينة البرتغالية " سان ميغيل" ، التي كانت تبحر من فونشال إلى بونتا ديلغادا، وعلى متنها 209 ركاب، برفقة "أوغوستو دي كاستيلو" . وعلى الرغم من صغر حجمها، إذ لم تكن " أوغوستو دي كاستيلو " مسلحة إلا بمدفعين عيار 65  ملم و47  ملم، إلا أنها تمكنت من الاشتباك مع "يو-139" (المسلحة بطوربيدات ومدفعين سطحيين عيار 150 ملم)، ونجحت في تأمين هروب "سان ميغيل" . بعد أن تمكنت السفينة أوغوستو دي كاستيلو من خوض معركة غير متكافئة لعدة ساعات، تم تدميرها وإغراقها، مما أسفر عن مقتل قائدها والعديد من أفراد الطاقم الآخرين. 

ومن بين مهام البحرية الأخرى خلال الحرب نقل وتأمين مرافقة القوات البرتغالية المشاركة في القتال على الجبهة الغربية الأوروبية وفي حملات جنوب أفريقيا . فقد نُقل أكثر من 56 ألف جندي من فيلق المشاة البرتغالي وفيلق المدفعية الثقيلة البرتغالي المستقل إلى فرنسا، وأكثر من 15 ألف جندي إلى أنغولا، وأكثر من 17 ألف جندي إلى موزمبيق. كما نُقلت وحدات عسكرية أصغر إلى جزر برتغالية أخرى وأقاليم ما وراء البحار.

قدّم الأسطول التجاري البرتغالي إسهامًا كبيرًا في المجهود الحربي للبرتغال، سواءً بتعبئة سفنه وأفراده للخدمة ضمن البحرية البرتغالية، أو بنقل القوات والإمدادات تحت وطأة خطر هجمات الغواصات الألمانية والألغام البحرية وسفن الشحن المهاجمة. ففي الفترة من عام 1916 إلى عام 1918، أغرقت الغواصات الألمانية 115 سفينة تجارية برتغالية، مما أسفر عن فقدان 120 من أفراد طواقمها.

بعد انتهاء الحرب العالمية الأولى، واصلت البرتغال برنامجي بناء المدمرات من فئة دورو والسفن الحربية من فئة بيرا ، حيث قامت ببناء وحدتين إضافيتين من الفئة الأولى وثلاث وحدات من الفئة الثانية. وكتعويض عن الحرب، تسلمت البحرية البرتغالية ستة زوارق طوربيد نمساوية-مجرية من طراز Tb 82 F ، لم يدخل الخدمة منها سوى أربعة. كما حصلت البحرية على سفينتين حربيتين بريطانيتين من طراز أرابيس ، تم تحويلهما إلى طرادات.

في عام ١٩٢٢، قام الضابطان البحريان البرتغاليان ساكادورا كابرال وجاجو كوتينيو بأول عبور جوي لجنوب المحيط الأطلسي . انطلقا من قاعدة لشبونة الجوية البحرية في بوم سوكسيسو، في ٣٠ مارس، على متن طائرة بحرية من طراز فيري ٣-دي مارك ٢ تابعة للبحرية، مُجهزة خصيصًا لهذه الرحلة. زُوّدت الطائرة بنظام أفق اصطناعي للاستخدامات الملاحية، وهو اختراع ثوري من ابتكار جاجو كوتينيو. وصلا إلى أرخبيل القديسين بطرس وبولس البرازيلي في ١٧ أبريل، واختتما رحلتهما في ريو دي جانيرو في ١٧ يونيو.

شهدت فترة ما بين الحربين العالميتين بدء بناء قاعدة بحرية جديدة ومستودع أسلحة ضخم في ألفيتي ، على الضفة الجنوبية لمصب نهر تاجة. كان الهدف من إنشاء هذه المرافق في ألفيتي هو استبدال مستودع أسلحة البحرية في لشبونة والمحطات الصغيرة المتعددة المنتشرة في أنحاء لشبونة ومصب نهر تاجة، والتي كانت تُشكل مجتمعةً قاعدة لشبونة البحرية ، وذلك بتجميعها في مكان واحد. كما تضمنت خطط إنشاء مرافق القاعدة البحرية الجديدة نقل محطة لشبونة الجوية البحرية من أحواض بوم سوسيسو إلى قاعدة جوية جديدة تُبنى في مونتيخو . اكتملت أولى المرافق البحرية في ألفيتي عام 1924، ونُقلت إليها المدرسة البحرية عام 1936، واكتمل بناء مستودع أسلحة ألفيتي عام 1937. واستمر بناء هذه المرافق الجديدة تدريجيًا حتى خمسينيات القرن العشرين.

نظراً لتكرار هجمات القرصنة والنزاعات الأهلية التي عصفت بالصين، عززت البحرية البرتغالية في عام ١٩٢٧ موقعها في ماكاو ، بإضافة الطرادين ريبوبليكا وأداماستور ، اللذين انضما إلى البوارج ماكاو وباتريا المتمركزتين هناك. وكجزء من القوات البحرية البرتغالية في ماكاو، أُنشئت محطة جوية بحرية في جزيرة تايبا ، لتشغيل طائرات فيري ٣ المائية. وفي عام ١٩٣٧، دفعت الحرب الأهلية الصينية والغزو الياباني البحرية البرتغالية إلى تعزيز قواتها البحرية في ماكاو مرة أخرى، هذه المرة بسفن حربية صغيرة بالتناوب. وأُعيد تفعيل محطة ماكاو الجوية البحرية بطائرات هوكر أوسبري المائية.

في الساعات الأولى من صباح الرابع من أبريل عام ١٩٣١، ثار عدد من ضباط حامية ماديرا ، المعارضين لحكومة الديكتاتورية الوطنية . وكجزء من هذه الحركة، خُطط لانتفاضات عسكرية في مناطق أخرى من الأراضي البرتغالية، إلا أنها إما فشلت أو قُضي عليها سريعًا من قِبل القوات الموالية للحكومة. مع ذلك، في ماديرا، حظي المتمردون بدعم جزء من السكان وعدد من السياسيين المعارضين المنفيين، ما مكّنهم من الانتصار والسيطرة على الجزيرة. وتحت وطأة التهديد بتدخل محتمل من قوى أجنبية أرسلت سفنًا حربية إلى المنطقة، وتهديد من سياسيين معارضين برتغاليين اقترحوا إنشاء "جمهورية الأطلسي" منفصلة، ​​وجدت الحكومة نفسها تحت ضغط لإخماد التمرد سريعًا.

لم يكن تحقيق ذلك ممكناً إلا من خلال عملية إنزال برمائي لاستعادة الجزيرة، إلا أن تنفيذ هذه العملية كان صعباً للغاية في ظل غياب قوة بحرية مجهزة تجهيزاً كاملاً، والتي عانت من الإهمال لسنوات طويلة، وكانت في حالة شبه انعدام للقدرات البحرية. ومع ذلك، وتحت قيادة وزير البحرية ماغالهايس كوريا، ستُظهر البحرية البرتغالية قدرة فائقة على الارتجال، حيث ستُحشد أسطولاً من سفن الشحن والصيد، المُجهزة على وجه السرعة للخدمة البحرية. يضم هذا الأسطول حاملة الطائرات المائية كوبانغو (سفينة شحن تم تحويلها إلى حاملة الطائرات الوحيدة التي شغّلتها البحرية البرتغالية على الإطلاق)، وطرادين مساعدين، وسفينتي نقل، وأربع سفن صيد بحرية، تنضم إلى الطراد فاسكو دا غاما ، ومدمرة، وثلاث سفن حربية، لتشكيل القوات البحرية المُجهزة لاستعادة ماديرا. تحمل هذه القوات على متنها أربع طائرات مائية من طراز CAMS 37 وقوة إنزال تابعة للجيش. تغادر الحملة البحرية لشبونة في 24 أبريل، على أن تبدأ عمليات الإنزال في 26 أبريل. كان الدعم الجوي، الذي قدمته الطائرات المائية التابعة للطيران البحري العاملة من حاملة الطائرات كوبانغو ، حاسماً لنجاح عمليات الإنزال وتقدم القوات الحكومية داخل الجزيرة. وبعد عدة أيام من القتال، في 2 مايو 1931، توقف المتمردون عن المقاومة.

أوضحت ثورة ماديرا أن دولةً أطلسيةً كالبرتغال، بجزرها وأقاليمها ما وراء البحار، لا يمكنها البقاء دون قوة بحرية كفؤة ومجهزة تجهيزًا كافيًا. وقد أقرت الحكومة استثمارًا هامًا في البحرية البرتغالية، حيث أطلق الوزير ماغالهايس كوريا برنامجًا بحريًا جديدًا، يستند جزئيًا إلى خططٍ مبكرة وضعها الأدميرال بيريرا دا سيلفا. ويتوقع البرنامج البحري وجود قوة بحرية أوروبية للسيطرة على المحيط الأطلسي تتمركز حولها المدمرات، وقوة بحرية ما وراء البحار للخدمة الاستعمارية تتمركز حولها سفن حربية صغيرة ( سلوب ) . وستُدعم هذه القوات بقوة هجومية سطحية تتألف من طرادين، وحاملة طائرات مائية ، وطائرات بحرية، وغواصات، وسفن دعم. على الرغم من تنفيذ نصف البرنامج فقط، فقد حصلت البحرية البرتغالية بين عامي 1933 و1939 على 22 سفينة حربية جديدة، شملت مدمرات من فئة فوغا المتطورة ، وغواصات من فئة دلفيم ، وسفن حربية من فئات أفونسو دي ألبوكيرك ، وغونزالو فيلهو، وبيدرو نونيس . لم يتم بناء الطرادات، وبدأ العمل على حاملة الطائرات المائية، ولكن تم إلغاء المشروع لاحقًا واستبدالها بسفن أخرى. ^{[ 8 ]}

حافظت البرتغال على حيادها خلال الحرب العالمية الثانية ، إلا أن حكومتها اتخذت لاحقًا موقفًا محايدًا متعاونًا مع قوات الحلفاء . وساهمت البحرية في الدفاع عن حياد البرتغال بحرًا وجوًا. في بداية الحرب، ضمت البحرية البرتغالية ست مدمرات، وسبع سفن حربية، وثلاث غواصات، وثلاث زوارق طوربيد، وخمس سفن حربية، وزورقين حربيين نهريين، وثلاثة زوارق دورية، وسفينتين لكشف الألغام، وأربع سفن مسح، وسفينتين للدعم، وسفينتين للتدريب. أما الطيران البحري، فضم حوالي 40 طائرة، معظمها طائرات مائية تعمل من القواعد الجوية البحرية في لشبونة وأفيرو وماكاو، ومن سفن حربية من فئة أفونسو دي ألبوكيرك .

لتجنب الخلط بينها وبين سفن الدول المتحاربة، بدأت السفن التجارية البرتغالية بالإبحار رافعةً أعلام البرتغال الكبيرة ، مع كتابة أسمائها على جوانب هياكلها. ومع ذلك، لم يمنع هذا تمامًا بعض هجمات الغواصات على السفن البرتغالية. وقع أخطر هجوم في عام 1942، عندما هوجمت سفينة الشحن الشراعية " ماريا دا غلوريا" ذات الصواري الثلاث ، أثناء إبحارها إلى غرينلاند، وأغرقتها الغواصة الألمانية "يو-94"  ، ما أسفر عن مقتل 36 من أفراد طاقمها البالغ عددهم 44.

كان من بين الشواغل الرئيسية الدفاع عن جزر الأزور الاستراتيجية في المحيط الأطلسي ضد أي غزو محتمل. في عام ١٩٤١، بدأت عمليات تعزيز الجزر بشكل مكثف بقوات برية وجوية، مع حامية قوامها ٣٢٥٠٠ جندي وأكثر من ٦٠ طائرة. ركزت البحرية البرتغالية على الدفاع عن مياه وموانئ الأزور، حيث تم نشر زوارق دورية ومدمرات بالتناوب. ودُعمت هذه القوات السطحية بطائرات بحرية من طراز Fleet 10 و Avro 626 و Grumman G-21 و Grumman G-44، والتي قامت بدوريات في المياه انطلاقًا من قاعدة الأزور الجوية البحرية التي أعيد تفعيلها في بونتا ديلغادا. وعلى نطاق أضيق، أُرسلت تعزيزات مماثلة إلى ماديرا وجزر الرأس الأخضر. على الرغم من أن كلاً من دول المحور والحلفاء كانت لديهم خطط لغزو الجزر واستخدامها للسيطرة على المحيط الأطلسي (بما في ذلك العمليات البريطانية المخطط لها Alloy و Shrapnell و Brisk و Thruster و Springboard و Lifebelt ، والعملية الأمريكية Grey والعمليات الألمانية Felix و Ilona و Isabella )، إلا أن التعزيزات العسكرية البرتغالية كانت قادرة على دعم الدبلوماسية البرتغالية في ردع أي محاولة لتنفيذ هذا الغزو بنجاح.

كان على البحرية أيضاً التخطيط لعملية إجلاء استراتيجية محتملة للحكومة البرتغالية إلى جزر الأزور. وقد خُطط لهذه العملية تحسباً لغزو العدو واحتلاله الناجح للبرتغال القارية . كان خطر هذا الغزو مرتفعاً، وقد أُدرجت خططٌ له بالفعل ضمن الاستعدادات الألمانية لعمليتي إيزابيلا وفيليكس .

بُذلت جهودٌ أيضًا للدفاع عن الأراضي البرتغالية ما وراء البحار في أفريقيا وآسيا وأوقيانوسيا . ورغم قلة الموارد البحرية والعسكرية المتاحة لمثل هذه الأراضي الشاسعة، فقد أمكن الحفاظ على سلامة معظمها. وكان الاستثناء الأبرز هو تيمور البرتغالية ، التي احتلتها القوات الأسترالية والهولندية في ديسمبر 1941، بدعوى الدفاع عنها ضد غزو ياباني محتمل. وبعد احتجاجات من الحكومة البرتغالية، تم التوصل إلى اتفاق يقضي بانسحاب قوات الحلفاء من الأراضي البرتغالية بعد وصول التعزيزات العسكرية البرتغالية القادمة من موزمبيق على متن السفينة الحربية " غونسالفيس زاركو" وسفينة النقل " جواو بيلو" . وفي فبراير 1942، بينما كانت التعزيزات البرتغالية لا تزال في طريقها، استغل اليابانيون ذريعة الغزو الأسترالي والهولندي لغزو تيمور البرتغالية، مباغتين قوات الحلفاء ومجبرين إياها على التراجع إلى الجبال. وتطورت هذه الأحداث إلى معركة تيمور ، التي دارت رحاها بين عامي 1942 و1945.

في عام ١٩٤٣، وبعد إحياء الحكومة البريطانية لمعاهدة ١٣٧٣ الأنجلو-برتغالية ، تنازلت البرتغال عن مرافق جوية لسلاح الجو الملكي البريطاني في جزيرة تيرسيرا ، جزر الأزور. وفي وقت لاحق، تنازلت البرتغال عن مرافق مماثلة للولايات المتحدة في جزيرة سانتا ماريا . وكانت هذه المرافق في جزر الأزور حاسمة لانتصار الحلفاء في معركة الأطلسي وانتصارهم العالمي في أوروبا . إلا أن هذا التعاون البرتغالي مع الحلفاء زاد من خطر عدوان محتمل من دول المحور، مما أجبر البحرية البرتغالية على تكثيف جهودها لردع أي هجوم بحري محتمل على البر الرئيسي للبرتغال وجزر الأزور والجزر البرتغالية الأخرى في شمال المحيط الأطلسي.

استجابةً لضرورة الدفاع عن سواحل وموانئ جزر المحيط الأطلسي والبرتغال القارية، تم تعزيز الأسطول البرتغالي بحوالي 30 زورق دورية وكاسحة ألغام، بما في ذلك سفن حديثة البناء وسفن صيد بحرية مُعدّلة من سفن صيد. إضافةً إلى ذلك، تم بناء عدد من سفن الصيد البحرية في البرتغال ونقلها إلى البحرية الملكية لدعم المجهود الحربي البريطاني. كما قامت البحرية ببناء سفينة مسح وناقلة النفط "سام براس" وتشغيلهما ، وكانت الأخيرة حاسمة لضمان إمدادات الوقود للبرتغال خلال الحرب. وتم تعزيز الطيران البحري بشكل كبير، حيث استقبل أكثر من 100 طائرة جديدة، وتم تفعيل وحدة هجوم بحرية مُجهزة بقاذفات طوربيد من طراز "بريستول بلينهايم" أرضية التمركز، والتي استُبدلت لاحقًا بطائرات "بريستول بوفايتر" .

إلى جانب المهام العسكرية البحتة، نفّذت البحرية البرتغالية خلال النزاع عددًا من المهام الإنسانية، شملت العديد من عمليات البحث والإنقاذ البحري. وخلال هذه العمليات، تمكنت من إنقاذ آلاف الأرواح من الناجين من السفن والطائرات التي غرقت بالقرب من المياه البرتغالية. وشملت هذه السفن سفنًا حربية وتجارية تابعة للحلفاء والمحور والدول المحايدة. وفي إحدى هذه العمليات في يناير 1943، وأثناء عودتها إلى بونتا ديلغادا بعد إنقاذ 119 ناجيًا من سفينتي الشحن الأمريكيتين " سيتي أوف فينت" و "جوليا وارد هاو" اللتين أغرقتهما غواصات ألمانية، تعطلت محركات المدمرة " ليما" ، بقيادة الملازم أول سارمينتو رودريغيز ، لمدة 45 دقيقة. وفي خضم عاصفة هوجاء، وبدون محركات، وتحت وطأة أمواج شمال المحيط الأطلسي العاتية، مالت السفينة بزاوية 67 درجة، وهي أعلى زاوية ميل مسجلة لسفينة دون أن تغرق في تاريخ الملاحة.

في يناير 1945، قصفت طائرات من حاملة الطائرات الأمريكية "يو إس إس إنتربرايز" قاعدة ماكاو الجوية البحرية، مما أدى إلى تدمير منشآتها وطائراتها. ويُزعم أن هذا الهجوم، الذي لم يُفسر بشكل واضح، نُفذ لأن القوات الأمريكية كانت تعتقد خطأً أن ماكاو محتلة من قبل اليابانيين.

بعد وقف إطلاق النار عام 1945، نظمت البحرية البرتغالية حملة عسكرية إلى تيمور لإعادة احتلال الإقليم واستعادة السيادة البرتغالية. وشمل الجانب البحري من الحملة السفن الحربية بارتولوميو دياس ، وغونسالفيس زاركو ، وأفونسو دي ألبوكيرك ، وسفن النقل أنغولا ، وسوفالا ، وكوانزا ، التي حملت الإمدادات ونحو 2000 جندي.

بعد الحرب العالمية الثانية، كانت البرتغال من الدول المؤسسة لحلف شمال الأطلسي (الناتو) . وفي خضم الحرب الباردة ، شارك الأسطول البرتغالي في الدفاع عن شمال المحيط الأطلسي ضد التهديد البحري السوفيتي. وتميزت البحرية البرتغالية داخل الناتو بكفاءتها العالية في مجال مكافحة الألغام والغواصات .

إلى جانب السفن الموجودة بالفعل والتي تخضع لبرامج التحديث، بدأت البحرية البرتغالية باستلام سلسلة من السفن الجديدة منذ أواخر الأربعينيات، بما في ذلك تسع فرقاطات، وثلاث غواصات، و14 سفينة دورية، و15 سفينة حرب ألغام. كما استلمت القوات الجوية البحرية طائرات جديدة، من بينها 24 قاذفة غوص من طراز كورتيس إس بي 2 سي هيلدايفر ، والتي شكلت سربًا مضادًا للغواصات، يُعتبر نموذجًا للكفاءة بين قوات حلف شمال الأطلسي (الناتو)، وكان مقره في البداية في قاعدة أفيرو الجوية البحرية، ثم نُقل إلى قاعدة مونتيخو الجوية البحرية الجديدة .

تم استحداث منصبي وزير الدفاع الوطني ورئيس الأركان العامة للقوات المسلحة في عام 1950، مما أدى إلى توحيد البحرية والجيش تحت قيادة مشتركة، وشكل بداية إنشاء القوات المسلحة البرتغالية كقوة متكاملة.

بعد نقاش حاد ومعارضة شديدة من طياري البحرية، اتخذت الحكومة في عام 1952 قرارًا مثيرًا للجدل بوضع الطيران البحري تحت سيطرة القوات الجوية البرتغالية المستقلة آنذاك ، ليصبح بمثابة القوات الجوية البحرية شبه المستقلة. وفي عام 1958، تم دمج القوات الجوية البحرية بالكامل في القوات الجوية، لتنتهي بذلك نهائيًا كفرع مستقل، حيث اختار العديد من طياري البحرية وغيرهم من الأفراد العودة إلى البحرية البرتغالية.

في أوائل الستينيات، كان الأسطول البرتغالي يضم 16 سفينة مرافقة بحرية (بما في ذلك المدمرات والفرقاطات وسفن المراقبة )، وثلاث غواصات، و23 سفينة دورية، و19 سفينة حرب ألغام (بما في ذلك كاسحات ألغام المحيطات وكاسحات ألغام السواحل وصائدات الألغام)، وأربع سفن مسح، وناقلة نفط واحدة، وقارب صيانة عوامات واحد، وسفينة تدريب واحدة.

ابتداءً من أواخر خمسينيات القرن الماضي، بدأت الحكومة والجيش البرتغاليان يشعران بالقلق إزاء تزايد التهديدات الخارجية والداخلية التي تواجه أقاليم البرتغال ما وراء البحار، وما ترتب على ذلك من ضرورة الدفاع عنها، بما في ذلك توفير قوات بحرية كافية. فإلى جانب البحرية "الأوروبية" المجهزة أساسًا بفرقاطات مضادة للغواصات وغواصات وسفن حرب ألغام للعمل في شمال المحيط الأطلسي ضمن حلف شمال الأطلسي (الناتو)، بدأ التخطيط لإنشاء بحرية "ما وراء البحار" جديدة. في البداية، تم تصور البحرية المخطط لها كقوة تدخل متنقلة، تتمحور حول حاملات طائرات خفيفة تحمل قوات إنزال بحرية. إلا أن هذا المفهوم لم يُعتبر الأنسب، وسرعان ما تطور إلى مفهوم قوة يتمحور حول فرقاطات وكورفيتات قادرة على حمل ودعم قوات إنزال صغيرة، بالإضافة إلى سفن دورية. إن بداية حركة حرب العصابات الانفصالية في أوائل الستينيات والحاجة المترتبة على ذلك للعمل في أنهار وبحيرات أفريقيا البرتغالية ستجبر على تطوير مفهوم البحرية الخارجية، مع إنشاء قوات المياه البنية، المجهزة بعدد كبير من زوارق الدورية والإنزال الصغيرة.

بالتوازي مع تطوير أسطولها، بدأت البحرية البرتغالية بتوسيع قدراتها العالمية في القيادة والسيطرة والإمداد اللوجستي لتغطية جميع الأراضي البرتغالية ما وراء البحار ومياهها. ومنذ عام 1957، أُنشئت قيادات بحرية في الرأس الأخضر ، وأنغولا ، وموزمبيق ، وغوا ( الهند البرتغالية )، بالإضافة إلى تلك المُنشأة في القارة الأوروبية وجزر الأزور . وتتولى كل قيادة بحرية مسؤولية منطقة عمليات محيطية، بحيث تُغطي المناطق المحيطية البرتغالية معظم شمال المحيط الأطلسي وجنوبه والمحيط الهندي بشكل متصل. كما أُنشئ عدد من قيادات الدفاع البحري المحلية ومرافق الدعم البحري، التابعة للقيادات البحرية. وقامت البحرية البرتغالية أيضًا بتطوير شبكة اتصالات عالمية، حيث أُنشئت محطات راديو بحرية في جميع الأراضي البرتغالية ما وراء البحار. وبفضل هذه الشبكة، أُنيطت بالبحرية مسؤولية كاملة عن توفير خدمة الاتصالات اللاسلكية بعيدة المدى بين المناطق لجميع فروع القوات المسلحة البرتغالية.

بعد نصف قرن، خاضت البحرية البرتغالية معارك مجدداً خلال النصف الثاني من القرن العشرين. وقد دارت هذه المعارك في المحيط الهندي ضد الاتحاد الهندي، وفي أفريقيا ضد حركات الاستقلال في الأراضي البرتغالية .

في صباح يوم 17 ديسمبر 1961، شنت القوات المسلحة الهندية هجومًا واسع النطاق على الهند البرتغالية ، فغزت أراضي غوا ودامان وديو بقوات برية وجوية وبحرية تفوقها عددًا. وضمت القوات البحرية الهندية المهاجمة لغوا حاملة طائرات، وطرادين ، وثماني فرقاطات، وخمس سفن أخرى. أما القوات البحرية البرتغالية، فكانت تتألف من ثلاث زوارق دورية صغيرة فقط، واحد في كل من غوا ودامان وديو، بالإضافة إلى زورق الدورية القديم " أفونسو دي ألبوكيرك " المتمركز في غوا. وإلى جانب مهمتها في مواجهة الوحدات البحرية المعادية، كُلفت "أفونسو دي ألبوكيرك" أيضًا بالعمل كبطارية ساحلية للدفاع عن ميناء مورموغاو ، فضلًا عن توفير اتصالات لاسلكية حيوية مع لشبونة بعد تدمير مرافق الاتصالات اللاسلكية البرية جراء غارات جوية هندية. 

خاضت السفينة "أفونسو دي ألبوكيرك" آخر معركة تقليدية خاضتها البحرية البرتغالية حتى يومنا هذا، عندما دخلت عدة فرقاطات هندية ميناء مورموجاو في تمام الساعة 12:00 من يوم 18 ديسمبر، وفتحت النار. ردًا على ذلك، رفعت "أفونسو دي ألبوكيرك" مرساتها، واتجهت نحو العدو، وردت بإطلاق النار من  مدافعها عيار 120 ملم. ولمدة ساعة تقريبًا، تمكنت "أفونسو دي ألبوكيرك" من خوض معركة غير متكافئة مع السفن الهندية، حيث أطلقت ما يقرب من 400 قذيفة، وأصابت سفينتين من سفن العدو. وفي النهاية، وبعد أن تكبدت أضرارًا جسيمة جراء نيران العدو، حيث قُتل خمسة من أفراد الطاقم وأُصيب 13 آخرون (بمن فيهم قبطانها)، جنحت السفينة، ثم قام الطاقم بإخلائها لاحقًا تحت قصف كثيف. ^{[ 9 ]}

شاركت زورق الدورية "إن آر بي فيغا" أيضاً في القتال، حيث تصدى أولاً للطراد الهندي المهاجم "دلهي" ، ثم فتح النار بمدفعه عيار 20  ملم على طائرات العدو التي كانت تهاجم ديو، بما في ذلك طائرة مقاتلة هندية من طراز "فامباير" . ورداً على ذلك، ركزت طائرات العدو هجومها على "فيغا" ، التي دُمرت وغرقت في نهاية المطاف، ما أسفر عن مقتل اثنين من أفراد طاقمها (بمن فيهم قبطانها) وإصابة ثلاثة آخرين. ^{[ 10 ] [ 11 ]}

خلال حروب ما وراء البحار التي دارت رحاها في أفريقيا (1961-1975)، اضطلعت البحرية البرتغالية بدور محوري في العمليات القتالية والدوريات وعمليات الإنزال البرمائي في المحيط والمياه الداخلية لأنغولا وغينيا البرتغالية وموزمبيق . وكان لدور مشاة البحرية البرتغالية أهمية بالغة في عمليات الإنزال البرمائي . وقد تم إنشاء نوعين من وحدات مشاة البحرية: مشاة البحرية الخاصة ( fuzileiros especiais ) المتخصصة في العمليات الهجومية، ومشاة البحرية ( fuzileiros ) للدفاع عن الأصول البحرية. وكان على البحرية البرتغالية أن تُجهز نفسها بأسطول كبير من الوحدات الصغيرة، بما في ذلك زوارق الدورية وسفن الإنزال ، وقد صُمم العديد منها وبُني في البرتغال.

في مسرح العمليات الأنغولي ، انصبّ تركيز جهود البحرية البرتغالية على حماية نهر زائير ، لمنع تسلل مقاتلي جيش التمرد المتحد/الجبهة الوطنية لتحرير أنغولا وحركة التحرير الشعبية الأنغولية من الكونغو ليوبولدفيل المجاورة (التي عُرفت لاحقًا باسم الكونغو كينشاسا ثم زائير ). وقد نُفذت هذه المهمة بواسطة سفن الدورية والإنزال التابعة لأسطول زائير، بدعمٍ من الفرقاطات أحيانًا، ووحدات من مشاة البحرية باستخدام الزوارق المطاطية. وقد حقق اعتراض نهر زائير نجاحًا باهرًا، ما مكّن البرتغاليين من وقف تسلل المقاتلين، وسمح للقوات البرتغالية بهزيمتهم والقضاء عليهم بشكل شبه كامل في شمال أنغولا، منهيةً بذلك الحرب فعليًا في المنطقة في أوائل سبعينيات القرن العشرين. ودفعت هزيمة المقاتلين والقضاء عليهم في شمال أنغولا حركات الاستقلال إلى إعادة توجيه نشاطها نحو المناطق الشاسعة والنائية وشبه الصحراوية في شرق أنغولا في أواخر ستينيات القرن العشرين، مستفيدةً من الدعم والقواعد في زامبيا المجاورة . رداً على هذا التحرك، بدأت البحرية أيضاً بالتركيز على شرق أنغولا، فأنشأت وحدات بحرية وقوات مشاة بحرية على بُعد أكثر من 1000 كيلومتر (620 ميلاً) من الساحل. وقد عملت هذه الوحدات في أنهار زامبيزي وكواندو وكوانزا وغيرها من الأنهار المحلية، في مواجهة مقاتلي حركة التحرير الشعبية الأنغولية (MPLA) وحركة الاستقلال الوطنية الأنغولية (UNITA) الذين كانوا ينشطون في المنطقة. وفي نهاية عام 1968، أُنشئت قيادة القوات البحرية في الشرق في قاعدة تقع في منطقة تُعرف باسم "أراضي نهاية العالم" (Terras do Fim do Mundo)، والتي انبثقت منها بلدة صغيرة تُدعى " فيلا نوفا دا أرمادا" (Vila Nova da Armada ) (مدينة البحرية الجديدة).  

منذ عام 1970، استقر الوجود البحري البرتغالي في أنغولا، بما في ذلك فرقاطة واحدة بالتناوب، وأربع سفن دورية، و11 زورق دورية سريع، و15 زورق إنزال، ووحدتين من مشاة البحرية الخاصة، وأربع سرايا من مشاة البحرية، وخمس وحدات من القوات البحرية في الشرق.

نظراً للخصائص الجغرافية والهيدرولوجية لغينيا البرتغالية، فقد تمكنت البحرية البرتغالية في هذا المسرح العملياتي من تقديم مساهمة أكبر نسبياً في المجهود الحربي البرتغالي. تتخلل غينيا العديد من المجاري المائية، وكثير منها أنهار صالحة للملاحة، كما أن جزءاً كبيراً من أراضيها مستنقعي ومغمور بالمياه. وقد سمحت هذه الظروف للبحرية البرتغالية بالتدخل في جميع أراضي غينيا تقريباً، بما في ذلك المناطق الداخلية. في المقابل، واجهت القوات البرتغالية في هذا المسرح حركة الاستقلال البرتغالية المستقلة (PAIGC) ، التي ربما كانت الأكثر تنظيماً وتدريباً وتجهيزاً بين حركات الاستقلال، والتي تمكنت، في مرحلة معينة، من اكتساب قدرات قتالية غالباً ما تكون مكافئة أو حتى متفوقة على القدرات البرتغالية، مما أدى إلى تحول الصراع إلى حرب تقليدية بدلاً من مجرد حرب عصابات.

تمكنت قوات التحالف التقدمي المستقل لغينيا البرتغالية (PAIGC) من إنشاء أسطول بحري خاص بها، مُجهز ببعض الأصول البحرية من دول الكتلة الشرقية والصين، بما في ذلك زوارق طوربيد حديثة من طراز P6، شكلت تهديدًا إضافيًا للقوات البحرية البرتغالية. إلى جانب ذلك، استفادت قوات التحالف التقدمي المستقل لغينيا البرتغالية من دعم الدول المجاورة، السنغال، وخاصة جمهورية غينيا . ونظرًا لصغر مساحة غينيا البرتغالية نسبيًا، سمحت الملاذات الآمنة التي وفرتها تلك الدول لقوات التحالف التقدمي المستقل لغينيا البرتغالية بشن هجمات مباشرة على الحاميات البرتغالية من قواعدها في تلك الدول، والانسحاب السريع إلى الجانب الآخر من الحدود قبل تعرضها للهجمات البرتغالية المضادة. وفي هذه الجبهة، اضطلعت البحرية البرتغالية بمهام متنوعة، شملت معظم الدعم اللوجستي للوحدات العسكرية البرتغالية المنتشرة في جميع أنحاء البلاد، والدعم الناري للقوات البرية، وعمليات الإنزال البرمائي بوحدات مشاة البحرية، وقطع خطوط إمداد المياه التي تستخدمها قوات التحالف التقدمي المستقل لغينيا البرتغالية.

شمل الوجود البحري البرتغالي في غينيا، منذ عام 1964، فرقاطة، وسبعة زوارق دورية، و15 زورق إنزال، وأربع وحدات من مشاة البحرية الخاصة، وسريتين من مشاة البحرية. وفي وقت لاحق، أُضيفت زوارق إنزال إضافية ووحدة من غواصي الهندسة ، وذلك لمواجهة استخدام الألغام البحرية من قبل قوات الجيش البرتغالي في غينيا. وفي عام 1971، وفي إطار سياسة "الأفريقنة" التي انتهجها الجنرال سبينولا ، أُنشئت وحدتان من مشاة البحرية الخاصة الأفريقية، تم تزويدهما بأفراد جُندوا محلياً في غينيا البرتغالية.

لطرد قوات PAIGC التي كانت تحتل جزيرة كومو وجزر أخرى مجاورة في المنطقة الجنوبية من غينيا البرتغالية، أطلقت القوات المسلحة البرتغالية في يناير 1964 عملية ترايدنت، وهي عملية عسكرية مشتركة تقليدية واسعة النطاق ، استُخدمت فيها لأول مرة طائرات الهليكوبتر البحرية، ونُفذت فيها هجمات برمائية واسعة النطاق. ودُعمت الهجمات على الجزر المتعددة بقصف بحري وغارات جوية. وفي هذه العملية، استخدمت البحرية الفرقاطة نونو تريستاو - التي كانت بمثابة مركز قيادة العملية - والمدمرة فوغا ، وسبعة زوارق دورية، وثمانية زوارق إنزال، وثلاث فصائل من مشاة البحرية الخاصة  - التي شكلت، إلى جانب كتيبة معززة من الجيش، قوات الإنزال.

في عام 1970، نفذت القوات البحرية في غينيا البرتغالية عملية البحر الأخضر السرية (Operação Mar Verde)، وهي غارة برمائية واسعة النطاق على كوناكري ، عاصمة جمهورية غينيا المجاورة، التي كانت حليفًا علنيًا وملاذًا آمنًا للجبهة الوطنية المستقلة لاستقلال غينيا (PAIGC). قاد العملية الملازم أول ألبويم كالفاو، على رأس فرقة العمل 27-2، المؤلفة من زوارق الدورية كاسوبيا ، ودراغاو ، وهيدرا ، وأوريون ، وزوارق الإنزال بومباردا ومونتانت ، حاملةً قوة إنزال تضم 250 من الكوماندوز البرتغاليين وقوات مشاة البحرية الخاصة ، بالإضافة إلى 150 معارضًا سياسيًا للدكتاتورية الغينية. خلال ليلة 21-22 نوفمبر، تمكنت القوات البرتغالية من السيطرة على المدينة، وتحييد الجيش الغيني وقوات PAIGC المتمركزة محلياً، وتدمير العديد من الأصول البحرية والعسكرية التابعة لـ PAIGC وإنقاذ 26 أسير حرب برتغالي كانوا محتجزين في سجن محلي.

في مسرح عمليات موزمبيق ، انصبّ التركيز العملياتي الرئيسي للبحرية البرتغالية على بحيرة نياسا ، في محاولة لردع تسلل قوات جبهة التحرير الموزمبيقية (فريليمو) من قواعدها في تنزانيا ، والتعاون مع جيش مالاوي . وقد نُفذت هذه المهمة بواسطة أسطول نياسا، الذي كان يعمل بشكل رئيسي من قاعدة ميتانغولا البحرية، ووحدات من مشاة البحرية. وقد أُتيح إنشاء أسطول نياسا من خلال تنظيم عمليات لوجستية معقدة لنقل ما مجموعه 12 زورق دورية وإنزال من ميناء ناكالا الساحلي إلى بحيرة نياسا، في مسار بري يبلغ طوله حوالي 750  كيلومترًا. وفي إطار التعاون مع مالاوي المجاورة، شاركت البحرية البرتغالية بشكل فعّال في تنظيم قواتها البحرية، حيث نقلت إليها بعض زوارق أسطول نياسا. كما ركزت البحرية على إعادة تزويد القوات البرتغالية العاملة في شمال موزمبيق ، وربطها بحرًا بالمراكز اللوجستية الرئيسية في لورينسو ماركيز وبيرا . مع بدء بناء سد كاهورا باسا وانتشار مقاتلي فريليمو إلى منطقة تيتي في أوائل السبعينيات، وجهت البحرية جزءًا من جهودها نحو نهر زامبيزي.

بالإضافة إلى التزامها في مسرح العمليات الموزمبيقي ضد قوات الاستقلال، كان على البحرية البرتغالية منذ عام 1966 الحفاظ على قوة مهام محيطية في قناة موزمبيق ، تتألف من فرقاطات بالتناوب، لردع أي عمل عدائي محتمل من القوات البحرية البريطانية التي كانت متمركزة قبالة ميناء بيرا في محاولة لفرض حظر النفط على روديسيا ، بعد إعلانها الاستقلال من جانب واحد .

منذ عام 1971، شمل الوجود البحري البرتغالي في موزمبيق ثلاث فرقاطات أو كورفيتات، وسفينة دعم لوجستي واحدة، وثلاثة زوارق دورية، وسفينة إنزال واحدة في المحيط الهندي ، وخمسة زوارق دورية وسبع سفن إنزال في بحيرة نياسا، وثلاث وحدات من مشاة البحرية الخاصة، وثلاث سرايا من مشاة البحرية.

إلى جانب العمليات القتالية، واصلت البحرية البرتغالية توفير الخدمات اللوجستية بعيدة المدى والساحلية للقوات المسلحة البرتغالية المتمركزة في العديد من أقاليم ما وراء البحار التابعة للبرتغال في المحيط الأطلسي ( الرأس الأخضر ، ساو تومي وبرينسيبي ، غينيا البرتغالية وأنغولا)، المحيط الهندي (موزمبيق) والمحيط الهادئ ( تيمور البرتغالية وماكاو ) .

أدت الحاجة إلى إعطاء الأولوية لاقتناء عدد كبير من الوحدات الصغيرة للعمل في الأنهار الأفريقية إلى تأخير خطط إنشاء القوة البحرية الخارجية التي كان من المقرر تنفيذها في أواخر الخمسينيات. إلا أن هذه الخطط استؤنفت في أواخر الستينيات، مع بناء سفن قادرة على العمل كسفن مرافقة مضادة للغواصات في المحيط، بالإضافة إلى القيام بدوريات وعمليات إنزال بحرية. وكان من المتوقع أن تكون هذه السفن نسخة حديثة من سفن المراقبة البحرية (أفيزو) التي ظهرت في ثلاثينيات القرن العشرين. ولهذا الغرض، تم طلب أربع فرقاطات من فئة "كوماندانتي جواو بيلو" من أحواض بناء السفن الفرنسية. وفي الوقت نفسه، صمم المهندس روجيريو دي أوليفيرا، من البحرية البرتغالية، نوعًا ثوريًا من السفن لهذا الغرض، وهي طرادات فئة "جواو كوتينيو" . وتُعد هذه الطرادات أولى السفن المعيارية في العالم، القادرة على التكيف مع أنواع متعددة من المهام، بما في ذلك الحرب المضادة للغواصات والعمليات البرمائية، مع كونها في الوقت نفسه منخفضة التكلفة التشغيلية. سرعان ما تم نسخ تصميمها، مما أدى إلى ظهور سلسلة من فئات الفرقاطات والكورفيتات التي خدمت في عدة قوات بحرية. صُممت كورفيتات فئة جواو كوتينيو للعمليات في أفريقيا بغاطس صغير لتمكينها من الإبحار بالقرب من السواحل وفي الأنهار الكبيرة، كما زُودت بأماكن إقامة على متنها لقوة من مشاة البحرية، مما يُمكّنها من دعم عمليات الإنزال. تم بناء ست سفن من فئة جواو كوتينيو ، تلتها أربع كورفيتات مُحسّنة من فئة بابتيستا دي أندرادي .

إلى جانب الجهود المبذولة في حروب ما وراء البحار، تمكنت البحرية البرتغالية خلال هذه الفترة من مواصلة الوفاء بالتزاماتها تجاه بعثات حلف شمال الأطلسي (الناتو) في شمال المحيط الأطلسي. ولضمان استمرار دعم هذه البعثات، قامت البحرية البرتغالية ببناء ثلاث فرقاطات مضادة للغواصات من فئة "ألميرانتي بيريرا دا سيلفا" ، واقتنت أربع غواصات من فئة "ألباكورا ". وكجزء من التزاماتها تجاه الناتو، تدعم البحرية البرتغالية إنشاء قيادة العمليات البحرية في شمال المحيط الأطلسي (COMIBERLANT) في لشبونة، وتنشر فرقاطات فئة "ألميرانتي بيريرا دا سيلفا" للمشاركة بانتظام في قوة العمليات البحرية في شمال المحيط الأطلسي (STANAVFORLANT) منذ إنشائها.

في الساعات الأولى من صباح يوم 25 أبريل 1974، أشعل ضباط شباب من القوات المسلحة البرتغالية شرارة ثورة القرنفل ، التي كادت أن تكون سلمية، وأطاحت بنظام سالازار. وبالمصادفة، كانت قوة الناتو الأطلسية، المعروفة باسم "ستانا فورتلاند" ، تغادر نهر تاجة في يوم الثورة، وتضم إليها الفرقاطة البرتغالية "ألميرانت غاغو كوتينيو" . وأثناء نزولها مع سفن الناتو الأخرى، تلقت "ألميرانت غاغو كوتينيو" أوامر من هيئة أركان البحرية البرتغالية بمغادرة التشكيل الدولي، والعودة أدراجها، والتمركز أمام ساحة "تيريرو دو باسو" المطلة على النهر، حيث كانت تتمركز معظم القوات الثورية. وبمجرد وصولها إلى موقعها، أُمرت الفرقاطة بفتح النار على المركبات المدرعة للقوات الثورية، لكن طاقمها رفض.

سارع النظام الجديد إلى التفاوض على اتفاقيات وقف إطلاق النار مع المتمردين في أنغولا وموزمبيق وغينيا، منهيًا بذلك حروب ما وراء البحار. وتلا ذلك استقلال الأراضي الأفريقية البرتغالية، أولها غينيا بيساو (غينيا البرتغالية سابقًا) في 10 سبتمبر 1974، وآخرها أنغولا في 11 نوفمبر 1975. ونُقلت معظم الوحدات البحرية البرتغالية الصغيرة المتمركزة في تلك الأراضي إلى الدول المُنشأة حديثًا. ودعمت البحرية انسحاب آلاف الجنود والمدنيين البرتغاليين من أفريقيا، ونقلتهم إلى البرتغال. في يوم استقلال أنغولا، نفذت فرقة العمل FO 15  - التي ضمت الفرقاطتين هيرمينجيلدو كابيلو وروبرتو إيفنز ، والكورفيت الجنرال بيريرا دي إيسا، وناقلة النفط ساو غابرييل، بالإضافة إلى سفينة المستشفى جيل إيانيس وسفينتي نقل القوات نياسا وأويجي - آخر هذه العمليات في خليج لواندا ، حيث استقل على متنها نائب الأدميرال ليونيل كاردوسو، آخر حاكم برتغالي ، ومفرزة عسكرية كانت تبحر آنذاك إلى لشبونة. 

عقب ثورة القرنفل، بدأت السلطات البرتغالية أيضًا الاستعدادات لاستقلال تيمور الشرقية (تيمور البرتغالية سابقًا)، التي لم تشهد، على عكس المستعمرات الأفريقية، تاريخًا حديثًا من النشاط الثوري المسلح. تم تقنين التنظيم السياسي، لكن سرعان ما تحول الخلاف بين الأحزاب السياسية التيمورية الجديدة إلى صراع مسلح، مما أجبر الحاكم البرتغالي المعين حديثًا، ماريو ليموس بيريس، على الانسحاب إلى جزيرة أتاورو ، التي تبعد 25 كيلومترًا (16 ميلًا) عن ديلي ، في أواخر أغسطس 1975. وبناءً على طلب من ليموس بيريس، أرسلت البحرية البرتغالية الفرقاطة "إن آر بي أفونسو سيركيرا " حديثة البناء ، والتي وصلت إلى مياه تيمور في أوائل أكتوبر 1975. وانضمت إليها الفرقاطة "إن آر بي جواو روبي" في أوائل ديسمبر. وفي 7 ديسمبر 1975، استغلت إندونيسيا المجاورة حالة عدم الاستقرار وشنّت غزوًا على تيمور الشرقية .  

فور رصد الغزو الإندونيسي، قامت الوحدات البحرية بإجلاء السلطات البرتغالية ومفرزة عسكرية صغيرة من أتاورو إلى أراضٍ صديقة في أستراليا. وبقيت هذه الوحدات في المنطقة لمواصلة دورياتها في المياه المحيطة بتيمور، استعدادًا لأي عمل عسكري محتمل ردًا على الغزو. وفي نهاية المطاف، لم يصدر أي رد، حيث انسحبت آخر القوات البحرية البرتغالية المتبقية في النصف الأول من عام ١٩٧٦. وبالمثل، امتنعت قوى غربية أخرى عن التدخل، أو في حالة الولايات المتحدة ، وافقت صراحةً على الغزو الإندونيسي قبل يوم واحد، وقامت بتسليح قواتها على نطاق واسع، مما أدى إلى خضوع تيمور الشرقية للاحتلال الإندونيسي لمدة ربع قرن .

بحلول نهاية عام 1975، ولأول مرة منذ 500 عام، عادت البرتغال لتصبح دولة أوروبية فحسب، وأصبح أسطولها البحري يقتصر على شمال المحيط الأطلسي. ركزت البحرية البرتغالية جهودها على الدفاع عن المحيط الأطلسي ضد التهديد البحري المحتمل لدول حلف وارسو في سياق أواخر الحرب الباردة . كما ركزت البحرية على مسؤوليتها في تسيير دوريات ومراقبة المنطقة الاقتصادية الخالصة للبرتغال ، التي أعيد تعريفها، والتي تُعدّ عاشر أكبر منطقة اقتصادية خالصة في العالم.

مع بداية عام 1976، ضم الأسطول البرتغالي أربع فرقاطات من فئة "كوماندانتي جواو بيلو" ، وثلاث فرقاطات من فئة "ألميرانتي بيريرا دا سيلفا" ، وست سفن حربية من فئة "جواو كوتينيو" ، وأربع سفن حربية من فئة "باتيستا دي أندرادي" ، وثلاث غواصات من فئة "ألباكورا "، وعشر سفن دورية من فئة " كاسين "، وأربع سفن دعم، وسفينة تدريب واحدة، بالإضافة إلى عدد من زوارق الدورية وكاسحات الألغام وسفن الإنزال المتبقية. ورغم أن معظم هذه السفن كانت حديثة، إلا أنها كانت مجهزة في الغالب للعمل في دعم النزاعات منخفضة الحدة في أفريقيا، مع قدرة محدودة على مكافحة الغواصات والسفن. ولم يتمكن برنامج تحديث الأسطول المخطط له، والذي تضمن تركيب صواريخ مضادة للسفن وصواريخ أرض -جو على الفرقاطات والسفن الحربية، من المضي قدمًا بسبب نقص التمويل. لولا التحديث، لكانت فرقاطات فئة ألميرانتي بيريرا دا سيلفا قد أصبحت قديمة الطراز، حيث تم إخراجها من الخدمة في أوائل الثمانينيات، لكنها ظلت راسية في قاعدة لشبونة البحرية حتى تم إخراجها من الخدمة نهائياً في أوائل التسعينيات.

مع عدم دخول سفن جديدة مهمة الخدمة لسنوات عديدة، أمضت البحرية البرتغالية معظم ثمانينيات القرن الماضي بأربع فرقاطات، وعشر سفن حربية صغيرة، وثلاث غواصات، وعشر سفن دورية، بالإضافة إلى سفن الدعم والوحدات الصغيرة. ونظرًا لنقص سفن الدوريات البحرية المتخصصة، استُخدمت السفن الحربية الصغيرة، وحتى الفرقاطات، بكثافة في حماية مصائد الأسماك ومهام البحث والإنقاذ البحري ، إلى جانب أدوارها العسكرية الأصلية.

منذ عام 1990، شاركت البحرية البرتغالية في العديد من المهام بعيدة المدى، حيث نفذت بفعالية السياسة الخارجية للبرتغال، مستخدمةً وحداتها منفردةً أو ضمن حملات أوسع نطاقًا بالتنسيق مع الجيش والقوات الجوية البرتغالية . وقد نشطت البحرية البرتغالية بشكل خاص في عمليات حفظ السلام، مستخدمةً سفنًا حربية، ومهام طائرات الهليكوبتر، ووحدات من القوات البحرية الخاصة في عمليات الإجلاء البرمائي والجوي للمواطنين البرتغاليين وغيرهم من المدنيين الأجانب من مناطق الحرب الخطرة في أفريقيا جنوب الصحراء. ومن أبرز المهام التي نفذتها البحرية البرتغالية: بولاما (غينيا بيساو، 1990)، ولواندا (أنغولا، 1992)، وبيساو (غينيا بيساو، 1998، ومرة ​​أخرى في 1999). في هذه المسارح، أنشأت القوات المسلحة البرتغالية مناطق آمنة وسط مناطق القتال، ووحدات إجلاء، تشغلها أحيانًا القوات الخاصة للجيش البرتغالي أو فرقة العمليات الخاصة التابعة للبحرية البرتغالية (DAE) لاستعادة المدنيين من النقاط الساخنة وإجلائهم على متن فرقاطات متمركزة قبالة الساحل أو على متن طائرات النقل C-130 هيركوليز التابعة للقوات الجوية البرتغالية ، كما حدث في أنغولا عام 1992. ^{[ 12 ]}

كما شاركت البحرية البرتغالية بنشاط في العديد من جهود حفظ السلام الدولية وفرض السلام بالتعاون مع قوات أخرى تابعة لحلف الناتو أو الأمم المتحدة أو الاتحاد الأوروبي في العديد من المسارح، بعيدًا عن الأراضي البرتغالية.

في تسعينيات القرن الماضي، شهدت البحرية البرتغالية تحديثاً شاملاً بسفن جديدة، من بينها فرقاطات فئة فاسكو دا غاما وزوارق الدورية من فئة أرغوس ، المصممة والمصنعة محلياً . كما شهدت القوات الجوية للبحرية نهضة نوعية باستلامها مروحيات ويستلاند لينكس . وقد ساهمت هذه الأنظمة الجديدة بشكل كبير في تعزيز قدرة البحرية على التدخل في أعالي البحار وعلى السواحل.

خلال تحرير الكويت في الفترة 1990-1991، قدمت سفينة الإمداد التابعة للبحرية البرتغالية " ساو غابرييل" الدعم لقوات التحالف في الخليج العربي. وفي حروب البلقان المتعددة التي نتجت عن تفكك يوغوسلافيا، لعبت البحرية البرتغالية دورًا فاعلًا في التزامات البرتغال تجاه الأمم المتحدة وحلف شمال الأطلسي، حيث حافظت على فرقاطة مزودة بقوات خاصة تابعة لحلف شمال الأطلسي في البحر الأدرياتيكي بشكل مستمر بين عامي 1991 و2000، وقادت عملية "المسعى النشط" التابعة لحلف شمال الأطلسي في البحر الأبيض المتوسط ​​في ديسمبر 2001 ويناير 2002. وعلى الصعيد المحلي، ساهمت البحرية البرتغالية باستمرار بزوارق دورية وكورفيتات في مناورات مشتركة بين دول الاتحاد الأوروبي تهدف إلى مساعدة إسبانيا في معالجة مشكلة الهجرة غير الشرعية وتهريب المخدرات قبالة سواحلها الجنوبية وجزر الكناري. وخلال حادثة تسرب النفط من ناقلة "بريستيج" قبالة سواحل شمال إسبانيا، أرسلت البرتغال فرقاطات وطائرات استطلاع إلى المنطقة، والتي كان لها دور أساسي في توفير معلومات مستقلة حول الأحداث.

في 7 يونيو/حزيران 1998، أدى انقلاب عسكري في غينيا بيساو إلى إطلاق عملية إنقاذ بحرية واسعة النطاق، أظهرت قدرة البحرية البرتغالية على التدخل على بعد آلاف الكيلومترات من البرتغال. وسرعان ما تحول الانقلاب إلى صراع أهلي بين القوات المتمردة والقوات الموالية للحكومة (بدعم عسكري من السنغال وجمهورية غينيا المجاورتين)، ليجد آلاف البرتغاليين وغيرهم من المقيمين الأجانب أنفسهم عالقين في خضم المعارك. وعلى الفور، أعدت القوات المسلحة البرتغالية عملية إنقاذ أُطلق عليها اسم "التمساح" ( Operação Crocodilo). وقامت سفينة الشحن البرتغالية "إم إس بونتا دي ساغريس" ، التي كانت تبحر في المنطقة، بإجلاء المدنيين في البداية .

في 11 يونيو، دخلت السفينة "بونتا دي ساغريس" ، بقيادة الكابتن هيلدر كوستا ألميدا، ميناء بيساو تحت نيران المدفعية، وأنقذت أكثر من 2200 مدني، بينهم 500 مواطن برتغالي. وقد أُلغيت عملية إجلاء جوي، كان من المقرر أن تقوم بها طائرات النقل العسكرية C-130 التابعة للقوات الجوية البرتغالية وقوات العمليات الخاصة المنتشرة في السنغال، بسبب احتلال القوات المتحاربة لمطار بيساو الدولي . وأرسلت البحرية البرتغالية قوة بحرية، بقيادة الكابتن ميلو غوميز، مؤلفة من الفرقاطة "فاسكو دا غاما" ، والطرادتين "هونوريو باريتو" و "جواو كوتينيو"، وسفينة الدعم "بيريو" .

حمل بيريو على متن السفينة قوة من مشاة البحرية تضمّ فرقة العمليات الخاصة (DAE) والسرية البحرية الثانية والعشرين وعناصر دعم (قيادة، اتصال، زورق، غواصين ، وفرق طبية). وصلت القوة البحرية البرتغالية إلى غينيا بيساو في 15 يونيو، وفي اليوم التالي دخلت نهر جيبا . نزلت قواتها البحرية - بقيادة عناصر فرقة العمليات الخاصة - واحتلت ميناء بيساو، وبدأت عملية إجلاء المواطنين البرتغاليين والأجانب إلى السفن. لاحقًا، جُمع المزيد من الأشخاص من مناطق أخرى على ساحل غينيا بيساو، باستخدام زوارق مطاطية ومروحيات، ليبلغ إجمالي عدد المواطنين الذين تم إنقاذهم أكثر من 1200 شخص.

في 28 يونيو، وبوساطة من جماعة الدول الناطقة بالبرتغالية ، بدأت مفاوضات وقف إطلاق النار بين الأطراف المتحاربة على متن الفرقاطة " فاسكو دا غاما" . وانتهت عملية التمساح في 21 يوليو 1998، حيث غادرت القوات البحرية البرتغالية مياه غينيا بيساو وحلت محلها الفرقاطة " كورتي ريال"  .

شاركت وحدات من مشاة البحرية البرتغالية في بعثات حفظ السلام التابعة للأمم المتحدة في كينشاسا (زائير، 1997) والكونغو (1998)، وتيمور الشرقية (1999-2004)، وبعثة الاتحاد الأوروبي في جمهورية الكونغو الديمقراطية عام 2006، وأسطول حلف شمال الأطلسي (الناتو) قبالة سواحل الصومال، حيث لعبت البحرية البرتغالية دورًا بارزًا. وخلال فيضان نهر سافي في موزمبيق (2000)، نفذت مفرزة من مشاة البحرية البرتغالية عمليات إنقاذ من الفيضان كجزء من جهود الإغاثة الإنسانية.

مع بداية استقلال تيمور الشرقية عن إندونيسيا عام ١٩٩٩، أرسلت البرتغال فرقاطتين وقوات مختلفة لمساعدة مستعمرتها السابقة في المحيط الهادئ . وبقيت الفرقاطتان البرتغاليتان " فاسكو دا غاما" و " هيرمينجيلدو كابيلو" في المنطقة حتى منتصف عام ٢٠٠١. ^{[ ١٣ ]} كما أُرسلت سرية من ١٥٥ جنديًا من مشاة البحرية إلى الإقليم كجزء من دور البرتغال في حفظ السلام التابع للأمم المتحدة، في ظل الوضع المتوتر. ومنذ عام ٢٠٠٤، تم دمج مفرزة أصغر من مشاة البحرية البرتغالية في مجموعة الاتصال العسكري لتيمور ^{[ ١٤ ]،} بالتنسيق الوثيق مع وحدة الحرس الوطني الجمهوري البرتغالي المتمركزة في العاصمة ديلي، والقوات المسلحة لتيمور.

شهدت فترة الألفية الثانية استقبال فرقاطات فئة بارتولوميو دياس (التي حلت محل فئة كوماندانتي جواو بيلو القديمة )، وغواصات فئة ترايدنتي (التي حلت محل فئة ألبكورا القديمة )، وسفن الدورية من فئة فيانا دو كاستيلو التي صممها وبناها البرتغاليون (والتي كان من المفترض أن تحل تدريجياً محل سفن الكورفيت من فئة جواو كوتينيو وفئة بابتيستا دي أندرادي ).

شاركت الفرقاطتان ألفاريس كابرال وكورتي ريال، من فئة فاسكو دا غاما، بانتظام في مناورات حلف شمال الأطلسي (الناتو) طويلة المدى في المحيط الهندي ، وعملتا كسفينتي قيادة لقوة مهام الناتو في مهمة مكافحة القرصنة في الصومال . وخلال عام 2009 ويناير 2010، قادت البحرية البرتغالية أسطول الناتو في خليج عدن، ^{[ 15 ]} وحصلت على جائزة "الشجاعة الاستثنائية في البحر" من المنظمة البحرية الدولية لنجاحها في شن هجمات على أنشطة القرصنة، نفذتها كورتي ريال خلال ذروة نشاط القرصنة. ^{[ 16 ]}

بالتوازي مع أدوارها العسكرية، واصلت البحرية البرتغالية الاضطلاع بدور علمي هام، لا سيما في مجال البحوث الأوقيانوغرافية والهيدروغرافية . ويتولى المعهد الهيدروغرافي قيادة البعثات العلمية للبحرية، بدعم من مجموعة سفن الهيدروغرافيا. ومن الأدوار المهمة في هذا المجال دعم بعثة توسيع الجرف القاري للبرتغال، التي تُقدم منذ عام 2004. وقد كانت المسوحات الهيدروغرافية التي أجرتها سفن الأبحاث من فئة دوم كارلوس الأول حاسمة في هذه المهمة. وقد مكّن نجاح هذه المهمة البرتغال من إثبات وتقديم مطالبتها بتوسيع جرفها القاري إلى ما يتجاوز 200 ميل بحري إلى الأمم المتحدة في عام 2009. وفي حال قبول هذه المطالبة، سيصبح الجرف القاري البرتغالي من أكبر الجروف القارية في العالم.

في العقد الثاني من الألفية الثانية، أنشأت القوات المسلحة البرتغالية قوة الرد السريع (FRI )، ومهمتها الرئيسية إجلاء المواطنين البرتغاليين من المناطق التي تشهد أزمات أو توترات. يتألف قوامها الأساسي من مكون بحري جاهز للعمليات خلال 48 ساعة، ويضم فرقاطة، وكورفيت، وسرية مشاة بحرية، وفصيلة غواصين متخصصين في الهندسة العسكرية، وفصيلة حرب ألغام، وغواصة وناقلة وقود عند توفرهما. وتُلحق فصيلة العمليات الخاصة التابعة للبحرية بمكون العمليات الخاصة في القوة. وقد تم تفعيل قوة الرد السريع، بما في ذلك مكونها البحري، ونشرها مسبقًا في الرأس الأخضر في أبريل 2012، استعدادًا للتدخل في غينيا بيساو عند الحاجة، عقب الانقلاب العسكري الذي وقع في ذلك البلد.

تعمل البحرية البرتغالية أيضاً على تطوير فرقة العمل البرتغالية (PO TG)، وهي قوة بحرية تهدف إلى ضمان قدرة وطنية مستقلة على خوض الحروب البحرية. ومن المقرر أن تعمل هذه القوة كعنصر بحري لإبراز القوة ، قادرة على التدخل في أي مكان ذي أهمية استراتيجية وطنية للبرتغال. ومن المخطط أن تضم فرقة العمل البرتغالية غواصات، وسفن مرافقة بحرية، وسفن إنزال برمائية ودعم لوجستي، وقوات مشاة بحرية وقوات عمليات خاصة، ووحدات غوص، وسفن مسح هيدروغرافي. وسيكون من العناصر المهمة سفينة إنزال برمائية ، إلا أن عملية اقتنائها المخطط لها قد تأخرت. وقد تم تدريب وتقييم جاهزية فرقة العمل البرتغالية بانتظام من خلال سلسلة مناورات INSTREX البحرية.

يتم تقديم الدعم الموسيقي من قبل تشكيلتين تابعتين للمركز الثقافي للبحرية: فرقة عسكرية واحدة وفرقة موسيقية احتفالية / فرقة طبول وأبواق .

• ؟ × OceanScan-MS&T LAUV؛ ^{[ 21 ]}
• ؟ × Graal Tech X-300. ^{[ 22 ]}

تشغل البحرية البرتغالية عدداً من المركبات السطحية غير المأهولة (USVs).

• 2 × سيوف تراتور دو مارس؛ ^{[ 23 ]}
• 1 × مركبة بحرية بدون طيار Hidrográfico X-2601؛ ^{[ 24 ]}
• مركبة بحرية غير مأهولة واحدة X-2701؛ ^{[ 25 ] [ 26 ]}
• مركبة بحرية غير مأهولة واحدة X-2801؛ ^{[ 27 ] [ 28 ] [ 29 ]}
• مركبة بحرية غير مأهولة واحدة من طراز أوركا؛ ^{[ 30 ]}
• 1 × سفينة دورية محيطية غير مأهولة من طراز Tecnoveritas UOPV. ^{[ 31 ]}

أنواع السفن المخطط لها:

• غواصتان جديدتان تعملان بالديزل والكهرباء ؛ ^{[ 32 ]}
• سفينة رصيف نقل برمائية واحدة - تُعرف محليًا باسم Navio Polivalente Logístico (NPL)؛ ^{[ 33 ]}
• منصة هبوط واحدة تُعرف باسم NRP D. João II - لتشغيل المروحيات والطائرات المسيّرة والمركبات تحت الماء المسيّرة . طُلبت في عام 2024 من أحواض بناء السفن Damen مقابل 132 مليون يورو، ومن المقرر دخولها الخدمة في عام 2026؛ ^{[ 34 ] [ 35 ] [ 36 ]}
• سفينتان متعددتا المهام للدعم ^{[ 37 ]} – سيتم بناؤهما بواسطة حوض بناء السفن STM في تركيا ليحلا محل ناقلات الأسطول من فئة بيريو . ^{[ 38 ] [ 32 ]} قيد الإنشاء. ^{[ 39 ]}
• 6 سفن دورية من طراز فيانا دو كاستيلو . ^{[ 40 ] [ 32 ]}
• ثماني سفن دورية ساحلية جديدة لتحل محل سفن الدورية من فئات أرجوس ، وسينتورو ، ومينهو، وتيجو . ^{[ 41 ] [ 32 ]}
• 3 (وحتى 6) فرقاطات إيطالية جديدة من طراز FREMM EVO ^{[ 42 ] [ 32 ]}

لا تمتلك البحرية البرتغالية سوى طائرات مروحية، إذ لم يكن هناك دعم جوي بطائرات ثابتة الجناح منذ عام 1952 عندما كانت مقاتلات كورتيس إس بي 2 سي هيلدايفر قيد الاستخدام. فقط أكبر سفن البحرية البرتغالية قادرة على دعم الطيران: فئتان من الفرقاطات ( فئة بارتولوميو دياس وفئة فاسكو دا غاما )، وأربع سفن دورية ( فئة فيانا دو كاستيلو )، وأكبر فئة من الكورفيتات ( فئة باتيستا دي أندرادي )، وناقلة نفط ( فئة بيريو ).

تمتلك البحرية حاليًا خمس طائرات هليكوبتر من طراز ويستلاند لينكس Mk.95A سوبر لينكس في الخدمة.

• 6 × Beyond Vision VTOne. ^{[ 43 ] [ 44 ]}
• 6 × ما وراء الرؤية HEIFU. ^{[ 44 ] [ 45 ]}
• 4 × UAVision UX Spyro ؛ ^{[ 46 ]}
• 2 × UAVision Ogassa OGS42/V ؛ ^{[ 47 ]}
• ؟ × X-1001؛ ^{[ 48 ]}
• ؟ × AeroVironment RQ-20 بوما ؛ ^{[ 49 ]}
• ؟ × Autel EVO II Dual 640T Enterprise V2. ^{[ 50 ]}

• غارسيا دي ريزندي، حياة وأعمال دي إل ري دوم جواو الثاني ، 1545
• رودريغز، جي إن وت. ديفيزاس (2009). البرتغال: رائد العولمة: a Herança das descobertas . لشبونة: سنترو أتلانتيكو.